Molekularna opredelitev invazivnih izolatov bakterije Listeria monocytogenesVlahovič, Anja (Avtor) Maver Vodičar, Polona (Mentor) Triglav, Tina (Komentor) Listeria monocytogeneslisteriozaPCRFTIRMALDI-TOF MSsekvenciranje celotnega genomabioinformacijska analizaListerioza je s hrano prenosljiva bolezen, ki jo povzroča bakterija Listeria monocytogenes. Za učinkovito obvladovanje L. monocytogenes je bistvenega pomena uporaba metod, ki omogočajo zaznavanje in razlikovanje te bakterije od drugih vrst iz rodu Listeria v živilskih, okoljskih in kliničnih vzorcih. Klinične izolate smo identificirali kot vrsto L. monocytogenes z metodo MALDI-TOF MS in metodo PCR v realnem času, metodama izbire za rutinsko identifikacijo patogenov v kliničnih okoljih. Ker je z napredkom v tehnologiji sekvenciranje celotnega genoma postalo ključno orodje za rutinski nadzor, smo se ga poslužili tudi pri naši raziskavi. Opredelili smo bakterijsko linijo, sekvenčni tip in klonalni kompleks. Izolati so pripadali linijama I in II, katerima pripada večina klinično pomembnih sevov. Določili smo tudi glavne genetske determinante virulence, saj poznavanje virulence lahko pomaga preprečiti prihodnje izbruhe listerioze. Glavni geni znotraj LIPI-1 so bili prisotni v vseh izolatih. SSI-1 je bil prisoten v sekvenčnih tipih 26, 155 in 224. Geni, ki so del LIPI-3, so bili prisotni le v liniji I, inlG in SSI-1 pa sta bila v večji meri prisotna v liniji II. Pri naših izolatih smo detektirali odpornost proti fosfomicinu, proti kateremu je L. monocytogenes naravno odporna, ter odpornost proti streptograminu A. Med našo raziskavo smo oblikovali dve drevesi podobnosti, enega z metodo FTIR, drugega na podlagi cgMLST. Razvrstitev izolatov v liniji I in II se je ujemala ne glede na uporabljeno metodo.[A. Vlahovič]20252025-04-27 07:15:49Magistrsko delo/naloga168835sl