Genomske analize izbranih sevov bakterije Escherichia coliMubi, Gal (Avtor) Starčič Erjavec, Marjanca (Mentor) Accetto, Tomaž (Komentor) uropatogena E. colivirulencaodpornost proti antibiotikombiofilmhorizontalni genski prenosbioinformatikaSekvenciranje celotnega genoma (WGS) omogoča natančno analizo genetskih značilnosti bakterij. V tej nalogi smo s pomočjo WGS analizirali genome 13 kliničnih uropatogenih sevov bakterije Escherichia coli (UPEC), ki so jih izolirali iz urina bolnikov z okužbo urinarnega trakta (UTI). Na podlagi pridobljenih genomskih zaporedij smo bioinformacijsko proučili njihovo filogenetsko ozadje, prisotnost genov, povezanih z virulenco (VAG), genov za odpornost proti antibiotikom (ARG) in genov za sintezo biofilmov ter ocenili vlogo mobilnih genetskih elementov pri horizontalnem prenosu genov (HGT). Večino kliničnih sevov smo uvrstili v filogenetsko skupino B2, ki je povezana z visoko patogenostjo. Pri sevih iz skupine A smo zaznali šibkejši virulentni potencial, vendar obsežen profil odpornosti. Pri 69 % sevov smo zaznali večkratno odpornost proti protimikrobnih učinkovinam (MDR), pri čemer sta seva DL07 in DL17 izstopala zaradi prisotnosti plazmidno kodiranih in redkih ARG, ki imajo zapise za odpornost proti makrolidom in amfenikolom. Na podlagi analize genov za sintezo biofilmov smo pri veliki večini sevov uspeli identificirati kromosomsko kodirane gene za sintezo celuloze, kurli fimbrij in kolanske kisline, z izjemo odsotnosti genov za sintezo kolanske kisline pri sevih DL09, DL14 in DL90. Rezultati potrjujejo visoko raven genetske pestrosti med vsemi 13 kliničnimi sevi in nakazujejo na kompleksne mehanizme evolucijskih prilagoditev, ki vključujejo tako horizontalni prenos genov, kot tudi raznolikost v možnosti tvorbe biofilma, njihovem virulentnem potencialu in odpornosti proti antibiotikom.[G. Mubi]20252025-03-21 07:15:40Magistrsko delo/naloga167949sl