Ugotavljanje vloge dolgih nekodirajočih RNA pri nastanku, diagnosticiranju in zdravljenju trojno negativnega raka dojkKošir, Tamara (Avtor) Pajič, Tadej (Mentor) Kunej, Tanja (Komentor) dolge nekodirajoče RNAlncRNAtrojno negativni rak dojkrak dojkpodatkovna zbirkasistematična analiza podatkovpodatkovno rudarjenjeTrojno negativni rak dojk (TNBC) je najbolj agresivni molekularni podtip raka dojk (BC), ki se od drugih razlikuje po negativnem stanju tumorskih celic za estrogenski (ER) in progesteronski (PR) receptor ter receptor 2 za humani epidermalni rastni faktor (HER2). Bolezen pogosto odkrijemo v poznem kliničnem stadiju. Zaradi odsotnosti receptorjev in tako molekularnih tarč za ciljano zdravljenje, je zdravljenje omejeno na sistemsko kemoterapijo, na katero lahko tumorji razvijejo odpornost. Posledično se več raziskav usmerja v iskanje novih tarč za diagnosticiranje in zdravljenje TNBC. Med njimi se preiskuje tudi dolge nekodirajoče RNA (lncRNA) z diferencialnim izražanjem. Pomemben del tovrstnega raziskovanja je sistematično zbiranje in urejanje informacij o izražanju lncRNA v tkivih, njihovem mehanizmu delovanja ter tarčah. Pri tem so ključne različne podatkovne zbirke, ki so nepopolne in redko posodobljene, med podatki pa so prisotne neskladnosti, kar zmanjša njihovo uporabno vrednost. Namen raziskave je tako bil ustvariti zbirko lncRNA z diferencialnim izražanjem specifično pri TNBC (TNBClncRNAdb). Zbirko TNBClncRNAdb, ki obsega 241 vnosov, vezanih na 187 lncRNA, smo osnovali na podatkih iz petih predhodno obstoječih zbirk ter jo nadgradili z najnovejšo znanstveno literaturo. Dopolnili smo jo s podatki, kot so simboli in sinonimi lncRNA, njihovo diferencialno izražanje v preučevanih tkivih in mehanizem delovanja ter njihove direktne in indirektne tarče. Kot razširitev TNBClncRNAdb smo oblikovali zbirko OnCoLocDB, ki vključuje 437 vnosov, vezanih na 438 genov, s katerimi si lncRNA geni delijo genomsko lokacijo (co-loc geni), ter informacije o njihovem biotipu, genomski lokaciji ter potencialni vlogi pri nastanku raka. Zaključili smo, da imajo lncRNA potencial kot biooznačevalci pri diagnosticiranju TNBC ter kot tarče pri njegovem zdravljenju. Hkrati smo ugotovili, da se lncRNA geni prekrivajo s co-loc geni z vlogo pri nastanku raka ter da hkrati uravnavajo njihovo izražanje. Oblikovani zbirki sta informativni ter lahko kot prvi zbirki, specifični za TNBC, služita kot temelj za razvoj naprednih postopkov njegovega diagnosticiranja in zdravljenja.20242024-10-30 07:15:17Magistrsko delo/naloga164525sl