Primerjava tridimenzionalnih proteinskih struktur alergena breze Bet v 1 in navzkrižno reaktivnih proteinov iz hrane z uporabo bioinformacijskih orodij COMPASS in PDBeFoldSkrt, Ana (Avtor) Tavčar, Eva (Mentor) Vidak, Marko (Komentor) navzkrižna reaktivnostcvetni prahhranaproteinibioinformatikaAlergija je imunsko pogojena preobčutljivost organizma na snovi, ki sicer niso škodljive. Svetovna organizacija za alergije poudarja, da bi morale biti alergijske bolezni prepoznane kot pomemben javnozdravstveni problem. Alergijske reakcije sprožijo alergeni, večinoma proteini, ki povzročijo takojšnjo preobčutljivostno reakcijo, posredovano s protitelesi IgE. Pogost pojav je navzkrižna reaktivnost, pri kateri protitelo, ustvarjeno proti enemu antigenu, prepozna in reagira z drugim, strukturno podobnim antigenom. Kot potencialno navzkrižno reaktivni proteini se običajno prepoznajo tisti, ki si delijo relativno visoko podobnost v primarnem aminokislinskem zaporedju. Vendar poznamo primere proteinov, ki kljub majhni podobnosti v primarnem zaporedju z alergenom navzkrižno reagirajo zaradi podobnosti v tridimenzionalni strukturi. V magistrski nalogi smo želeli pokazati, da je ujemanje tridimenzionalnih struktur znanih alergenov in navzkrižno reaktivnih proteinov iz hrane na splošno večje kot ujemanje njihovih primarnih struktur. Kot tipičen primer znanega alergena smo uporabili alergen Bet v 1 iz cvetnega prahu breze. V literaturi smo najprej poiskali proteine iz hrane, ki eksperimentalno dokazano navzkrižno reagirajo z Bet v 1. Nato smo z bioinformacijskim orodjem COMPASS izvedli primerjavo primarnih struktur treh izoform Bet v 1 s celotno bazo alergenih proteinov COMPARE in v nadaljnjo analizo vključili le navzkrižno reaktivne prehranske proteine. V drugem koraku smo izvedli primerjavo tridimenzionalnih struktur proteinov iz hrane s tremi izoformami Bet v 1, za katere smo našli eksperimentalno določene strukture. Primerjavo smo izvedli z bioinformacijskim orodjem PDBeFold, ki uporablja metodo sekundarnega strukturnega ujemanja. Primerjali smo podobnost proteinov na primarni in terciarni ravni ter ugotovili, da si preiskovani navzkrižno reaktivni proteini med sabo delijo zelo različne stopnje podobnosti v aminokislinskem zaporedju, medtem ko v vseh primerih izkazujejo visoko podobnost v tridimenzionalnih strukturah. Izkazalo se je, da je strukturna podobnost navzkrižno reaktivnih proteinov iz hrane z Bet v 1 v večini primerov večja na terciarni kot na primarni ravni.20242024-09-28 07:45:07Magistrsko delo/naloga162847sl