Določitev aminokislinskega zaporedja proteina iz žametne lisičke z afiniteto do fosfatidilserina.Flajnik, Drejc (Avtor) Leonardi, Adrijana (Mentor) Skočaj, Matej (Komentor) glivelipidifosfatidilserinCantharellus friesiiEdmanova razgradnjamasna spektrometrijarakava obolenjaapoptozaMolekularni označevalci v biotehnologiji igrajo pomembno vlogo, ko želimo neko biološko molekulo spremljati, označiti ali do nje pripeljati drugo molekulo. Večina poznanih označevalcev ni sposobna označiti lipidov, zato smo želeli odkriti tovrstne proteine in potencialno razširiti nabor lipidnih tarč. Težave proučevanja membranskih lipidov so v pomanjkanju preprostih tehnik kot je na primer elektroforezno ločevanje, in v tem, da lipidi ne nosijo bioloških informacij na enak način kot npr. DNA. S presejalno analizo divjih gob smo najprej preverjali, ali izražajo proteine, ki se lahko vežejo na različne membranske lipidne receptorje. Na podlagi presejalne analize smo ugotovili, da vodni izvleček žametne lisičke, vsebuje protein z afiniteto do fosfatidilserina (PS). Označevalci PS so biotehnološko izjemno zanimiva, saj je prisotnost PS v zunanjem sloju plazemskih membran sesalskih celic ena izmed ključnih lastnosti rakavih celic in tistih, ki so podvržene apoptozi. Z namenom, da določimo aminokislinsko zaporedje proteina, za katerega smo pokazali, da se specifično veže na membranski PS smo izolirali in določili genom žametne lisičke. Z določitvijo genoma smo pridobili informacijo o potencialnih proteinih, ki jih žametna lisička kodira. Ker smo protein lahko osamili s poliakrilamidno gelsko elektroforezo, smo v nadaljevanju lahko njegovo aminokislinsko zaporedje opredelili z metodama masne spektrometrije in Edmanove razgradnje. Slednji metodi sta nam v kombinaciji z anotiranim genomom pomagali opredeliti proteinsko zaporedje proteina, ki prepozna membranski PS. Predvidevamo, da ima ta protein velik potencial kot biomarker za rakave in apoptotične celice, pri čemer prisotnost PS predstavlja tarčo, katere potencial je v sedanji diagnostiki in terapiji še vedno premalo izkoriščen.20242024-09-28 07:16:03Magistrsko delo/naloga162840sl