Karakterizacija encima v biosintezni poti menakinona MenD bakterije S. aureus kot podlaga za razvoj novih antibiotikovKores, Lana (Avtor) Novinec, Marko (Mentor) S. aureusbiosinteza menakinonaMenDtetramerizacijaalosterična regulacijaZaradi tvorbe biofilma, ki ji omogoča preživetje tudi v nelagodnih razmerah, bakterija S. aureus predstavlja veliko težavo pri zdravljenju z antibiotiki. Odkrili so, da je za anaerobno tvorbo biofilma potreben menakinon. Molekula DHNA, ki je »downstream« metabolit v biosintezi menakinona, inhibira drugi encim klasične biosintezne poti MenD. V diplomskem delu smo pripravili rekombinantna proteina MenF in MenD, ki sta prva encima v klasični poti. MenD je prvi specifičen encim za to pot, ki pretvarja izokorizmat v 2-sukcinil-5-enolpiruvil-6-hidroksi-3-cikloheksen-1-karboksilat (SEPHCHC). Naš cilj je bil z encimom MenF iz korizmata pripraviti izokorizmat, nato pa tega uporabiti za merjenje aktivnosti MenD ter testirati potencialen inhibitorni vpliv derivatov hidroksinaftojske kisline, podobnih DHNA, na encim MenD. Pri eksperimentalnem delu smo uspešno pripravili oba rekombinantna encima ter uporabili MenF za pretvorbo korizmata v izokorizmat, vpliva derivatov na MenD pa žal nismo uspeli testirati, saj je bil encim zaradi nezmožnosti tetramerizacije neaktiven. Predvidevamo, da je razlog za to v podaljšanem N-koncu, ki smo ga uvedli pri molekulskem kloniranju. V prihodnje bi bilo potrebno optimizirati odcep N-končne oznake oz. namesto tega uvesti C-končno oznako. Inhibicija encima MenD predstavlja dobro iztočnico za razvoj novih antibiotikov, ki se osredotočajo na inhibicijo sinteze menakinona, zato bi bilo področje smiselno še dodatno raziskati.20242024-09-06 09:50:00Diplomsko delo/naloga161036sl