Kinetične simulacije izbranih modulov toksin-antitoksinUrbič, Zala (Avtor) Hadži, San (Mentor) moduli toksin-antitoksinregulacija izražanja genovkinetične simulacijeGillespie algoritemModuli toksin-antitoksin so manjši genetski sistemi, ki so množično prisotni v genomih bakterij in arhej. Najpogosteje zaporedje vsebuje zapis za proteina toksin in antitoksin, ter operatorsko regijo, preko katere se uravnava nivo izražanja obeh proteinov. Toksin ustavi celično rast, antitoksin pa tvori kompleks s toksinom in ga inhibira. Antitoksin in kompleksi toksin-antitoksin z različnimi stehiometrijami se vežejo na operatorsko regijo in tako regulirajo nivo izražanja obeh proteinov. V diplomskem delu bomo izvedli stohastično kinetično simulacijo delovanja modelnega sistema toksin-antitoksin tako, da bomo regulacijo delovanja modula opisali kot logično vezje in proučili vpliv parametrov na delovanje sistema. Pri številnih modulih je vezje zasnovano tako, da je regulacija odvisna od molskega razmerja toksin/antitoksin, zato bomo delovanje sistema primerjali s formalnimi vezji z bolj preprosto zasnovo, kjer izražanje ni odvisno od molskega razmerja.20242024-09-05 10:50:01Diplomsko delo/naloga160897sl