Identifikacija bakteriofagov iz humane črevesne mikrobioteHedžet, Stina (Avtor) Rupnik, Maja (Mentor) Accetto, Tomaž (Komentor) bakteriofagifagiviromčrevesna mikrobiotaBacteroidesPhocaeicolaprofagiLongitudinalne študije so pokazale, da je humana črevesna mikrobiota stabilna, pri čemer nekatere glavne bakterijske linije ali celo sevi vztrajajo več let. Pred kratkim so to opažanje razširili tudi na črevesne bakteriofage. V svojem delu smo se osredotočili na gojenje sevov Bacteroides in Phocaeicola ter njihovih bakteriofagov. Pri dveh zdravih prostovoljcih smo v dveh časovnih točkah potrdili obstojnost vrst in sevov iz rodu Bacteroides in Phocaeicola. Izolirali smo 31 genetsko različnih fagov, ki se uvrščajo v sedem različnih skupin, dve od teh bi lahko predstavljali popolnoma novi fagni družini. Poleg tega so bili bakteriofagi iz več skupin, čeprav so bili genetsko precej homogeni, sposobni okužiti seve, ki pripadajo različnim vrstam, izoliranim v več časovnih točkah vzorčenja in pri različnih prostovoljcih. Primerjava sevov in fagov, pridobljenih iz različnih prostovoljcev in v različnih časovnih obdobjih, je razkrila dolgoročno obstojnost bakterijskih linij, virusnih skupin in izrazito medvrstno infektivnost pridobljenih bakteriofagov. Predlagamo, da bi lahko možnost okužbe različnih vrst znotraj družine Bacteroidaceae prispevala k opaženi dolgoročni stabilnosti teh skupin fagov v črevesju. Bakterijske genome smo analizirali glede potencialne prisotnosti profagov ter opazovali njihovo dinamiko med časovnimi točkami. Identificirali smo 65 profagov, ki se uvrščajo v 4 skupine. Opisali smo njihovo stabilnost pri posameznem prostovoljcu in okužbo več bakterijskih vrst v daljšem časovnem obdobju, ki je skladna s širokim naborom gostiteljev, ki smo ga opazili pri izoliranih fagih. V in vitro sistemu za gojenje fekalne mikrobiote izbrani fagi niso vplivali na sestavo fekalne mikrobiote ter na stabilnost in prisotnost fagov v metaviromu.20242024-08-07 07:15:50Doktorsko delo/naloga159999sl