Grobo-zrnato modeliranje monoklonskih protiteles in njihova lastna nihanjaPerovnik, Simon (Avtor) Ravnik, Miha (Mentor) proteinimodeliranjegrobo-zrnati modeligručenje k-meansmetoda bistvene dinamikemonoklonska protitelesalastni nihajni načiniGrobo-zrnati modeli monoklonskih protiteles so pogosto uporabljeni za $\textit{in silico}$ opis statike in dinamike. V magistrskem delu raziščemo dva pristopa konstrukcije grobo-zrnatih modelov - algoritem strojnega učenja gručenje k-means in metodo bistvene dinamike. Z metodama reproduciramo grobo-zrnate modele, ki so kvalitativno podobni uveljavljenim 3, 6 in 12-delčnim grobo-zrnatim modelom proteinov, s čimer pokažemo smiselnost njune uporabe. V drugem delu naloge lastne nihajne načine, ki smo jih izračunali za uporabo metode bistvene dinamike, koreliramo s hitrostjo agregacije, kvalifikatorjem proteinskih formulacij in z vsoto amplitud nihanj v CDR zankah. Rezultati iskanja linearnih korelacij kažejo na verjetno povezanost lastnih nihajnih načinov in mehanizmov agregacije. V tem kontekstu prepoznamo dva nihajna načina, pri katerih opazimo znatnejše korelacije.20242024-06-20 08:15:04Magistrsko delo/naloga158739sl