Učinkovitost izolacije cianobakterijske DNA iz čistih kultur in okoljskih vzorcevMavrek, Nikolaj (Avtor) Eleršek, Tina (Mentor) cianobakterijeizolacija DNAučinkovitostčiste kultureokoljski vzorciqPCRPoskusili smo vzpostaviti kvantitativno metodo, s katero bi lahko številčno ovrednotili prisotne cianobakterije v okoljskih vzorcih. Ker izolacije DNA izvajamo s komercialnimi kompleti, je bilo potrebno ovrednotiti učinkovitost izolacije posameznega kompleta. Zato smo uporabili čiste kulture in okoljske vzorce. Čiste kulture smo gojili v gojiščih brez fosfatov, kjer smo želeli preiskovane cianobakterije vzpodbuditi k porabi lastnega genetskega materiala kot vira fosfata. Slednje bi rezultiralo v monoploidnem stanju, v katerem bi lahko na osnovi preštetih celic in izolirane DNA izračunali učinkovitost izolacije. Pri okoljskih vzorcih smo uporabili umetno sestavljeno sekvenco DNA, ki je ne najdemo v naših vzorcih, ki smo jo dodali ali pred ali po izolaciji DNA ter s primerjavo rezultatov qPCR preverjali učinkovitost izolacije DNA. Pridobljeni rezultati so pokazali, da imamo višjo inhibicijo qPCR pri bolj koncentriranih vzorcih čistih kultur. S komercialnim kompletom za izolacijo biofilmskih okoljskih vzorcev smo dosegli zadovoljive rezultate, učinkovitost izolacije je bila med 17 in 43 %. Za določitev učinkovitosti izolacije s komercialnim kompletom za planktonske vzorce bi bilo potrebno eksperimente ponoviti, saj smo dobili izjemen raztros rezultatov. Učinkovitost izolacije DNA iz čiste kulture cianobakterije rodu Synechococcus je bila približno 46 %, iz čiste kulture cianobakterije Anabaena 0,2 %, iz planktonskih okoljskih vzorcev pa do 2,1 %.[N. Mavrek]20242024-06-15 07:15:07Magistrsko delo/naloga158525sl