Endotipizacija kroničnega rinosinuzitisa s sekvenciranjem RNAUrbančič, Jure (Avtor) Hočevar Boltežar, Irena (Mentor) Rijavec, Matija (Komentor) kronični rinosinuzitistranksriptomRNARNA sekvenciranjegenetikaIzhodišča: Kronični rinosinuzitis (KRS) je bolezen sluznice obnosnih votlin z dvema fenotipoma, z nosno polipozo (KRSzNP) in brez (KRSbNP). Fenotipska delitev pa ne pojasni variabilnosti bolezni, porazdelitve endotipov ali odziva na terapijo. Poznavanje vnetnih mehanizmov, njihova identifikacija s pomočjo analize transkriptoma, lahko pojasni razvoj bolezni, njen naravni potek in odziv na terapijo. Metode: Raziskava je bila zasnovana kot kohortno-prospektivna bolnikov s primarnim KRS. Kontrolno skupino so sestavljali bolniki z zdravo nosno sluznico. Sekvenciranje RNA (RNAseq) je bilo izvedeno na platformi Illumina NovaSeq6000. Pridobljene rezultate smo nato analizirali in interpretirali, in sicer smo rezultate prilegali na referenčni genom, filtrirali in izračunali stopnjo izražanja za posamezen vzorec. Izvedli smo karakterizacijo diferencialno izraženih genov ter funkcionalne analize, ki so vključevale bolezni in funkcije, kanonične poti in transkripcijske regulatorje. Rezultati: Analiza transkriptoma je bila opravljena na vzorcih 22 oseb s KRSzNP, 11 s KRSbNP in 15 kontrolah. V tkivu nosne sluznice smo ugotovili visoko korelacijo med fenotipoma (r=0,637, P<0,001). Vendar smo opazili tudi razlike, saj je bilo ugotovljenih 375 diferencialno izraženih genov (DEG), specifičnih za KRSzNP, in 328 DEG, specifičnih za KRSbNP. Poleg tega smo identificirali tudi 75 DEG, specifičnih za posamezen fenotip. Funkcionalna analiza je pokazala na imunsko regulacijo, celično gibanje in vnetje, kot najbolj značilne poti pri KRS. Zaključki: S pomočjo analize celotnega transkriptoma smo odkrili razlike med fenotipi pri imunski regulaciji KRSzNP prek NF-kß, signalizacije preko Tollu podobnega receptorja in signalizaciji, regulaciji HIF1?, poti tipa 2 (T2), poteh IL-6 in IL-15 ter rekrutiranju in regulaciji različnih imunskih celic. Pri KRSbNP je visoko aktivirana regulacija imunskega odziva NFAT in s kalcijem inducirana apoptoza celic T. Potrdili smo tudi visoko aktivacijo regulatorjev, ki sprožijo vnetne procese, uravnavajo imunske poti, znane molekule prirojenega imunskega odziva, za katere se je že predhodno izkazalo, da sodelujejo pri KRS, kot so bakterijski produkti in regulatorji celic T.20232023-12-08 07:15:09Doktorsko delo/naloga152818sl