Analiza viroma klopov vrste Ixodes ricinus v SlovenijiPintar, Alenka (Avtor) Avšič Županc, Tatjana (Mentor) Knap Gašper, Nataša (Komentor) klopno prenosljivi virusiviromIxodes ricinusmetagenomikaNGSŠtevilne raziskave nakazujejo, da se v klopih vrste I. ricinus v Evropi nahajajo še neodkriti virusi. V magistrskem delu smo analizirali virom klopov I. ricinus v Sloveniji. Zanimala nas je struktura viroma RNA v različnih razvojnih stadijih klopov (larva, nimfa in odrasel klop) in na določenih zemljepisnih območjih. Zanimalo nas je, ali se v skupinah klopov nahajajo potencialno patogeni virusi. V raziskavo smo vključili 1056 klopov I. ricinus, ki smo jih vzorčili z metodo zastave, v 7 statističnih regijah Slovenije od meseca aprila do septembra 2022. Klope smo homogenizirali in združili v skupine. Osamili smo RNA in jo prepisali v dvoverižno cDNA po metodi SISPA. Pripravili smo knjižnice, knjižnice sekvencirali in izvedli bioinformatsko analizo, sestavljeno iz dveh stopenj. Večino odčitkov je se uvrstilo redovoma Bunyavirales in Reovirales. Soseske so se najpogosteje uvrstile družinam Nairoviridae, Phenuiviridae in Partitiviridae. Stopnja okužbe družin Nairoviridae, Phenuiviridae in Partitiviridae je bila najvišja pri odraslih klopih in se je med različnimi vzorčnimi mesti razlikovala. Odčitki so se v enem vzorcu kartirali na referenčni genom virusa Uukuniemi. Z odčitki in soseskami smo potrdili tudi virus klopnega meningoencefalitisa. Rezultati magistrskega dela kažejo, da so v viromu klopa I. ricinus v Sloveniji še neidentificirani virusi, ki jih moramo podrobneje raziskati, da ugotovimo ali lahko povzročijo bolezen pri človeku.[A. Pintar]20232023-11-30 07:15:16Magistrsko delo/naloga152590sl