Funkcionalna opredelitev zarodnih različic neznanega kliničnega pomena z analizo mRNA pri bolnikih ogroženih z dednimi oblikami rakaŠetrajčič Dragoš, Vita (Avtor) Novaković, Srdjan (Mentor) genetikamRNAsekvenciranje naslednje generacijesekvenciranje RNArazličice neznanega kliničnega pomenadedne oblike rakaGenetske različice lahko povzročijo nepravilno prepoznavo spojitvenih mest med procesom izrezovanja intronov in spajanja eksonov, ki ga izvrši izrezovalno-povezovalni kompleks med formiranjem zrele mRNA. Posledica tega je spremenjena mRNA molekula, kar je lahko vzrok za nastanek genetskih sindromov. Eden od načinov, da odkrijemo različice, ki povzročijo napačno prepoznavo spojitvenih mest je, da določimo neposreden vpliv različice na molekuli mRNA nosilca različice. Za namen te doktorske naloge smo razvili in validirali nov pristop sekvenciranja cDNA za določanje alternativnih transkriptov in zarodnih okvar na molekuli mRNA nastalih med procesom izrezovanja intronov in spajanja eksonov. Z novim pristopom sekvenciranja cDNA smo odkrili nove alternativne transkripte v genih STK11, NBN in BRIP1. V genu STK11 smo odkrili 18, v genu NBN 49 in v genu BRIP1 7 novih alternativnih transkriptov. Vse odkrite alternativne transkripte smo anotirali in objavili prvi obsežen katalog alternativnih transkriptov v navedenih genih. V drugem delu raziskave smo izvedli bioinformatsko oceno vpliva različic na izrezovanje intronov in spajanje eksonov. Funkcijsko smo opredelili 32 različic neznanega kliničnega pomena (VUS) v genih povezanimi z dednimi oblikami raka. S pomočjo novega pristopa sekvenciranja cDNA smo uspešno reklasificirali 65,6 % vseh VUS-ov (46,9 % v verjetno benigno različico in 18,8 % v verjetno patogeno različico). Od 2808 preiskovancev smo pri 2 % odkrili VUS s potencialnim vplivom na izrezovanje intronov in spajanje eksonov. Od analize mRNA je imelo korist 1,4 % pacientov, pri katerih smo VUS reklasificirali. Vzročno različico smo z analizo mRNA opredelili pri 0,2 % preiskovancih.20232023-10-21 07:15:16Doktorsko delo/naloga151816sl