Optimizacija izolacije in analiza sestave zunajceličnega matriksa bakterij Lactobacillus spp., Lactococcus spp. in Pseudomonas spp.Pavlinjek, Natalija (Avtor) Klančnik, Anja (Mentor) Sabotič, Jerica (Komentor) zunajcelični matriksizolacijamlečnokislinske bakterijeLactobacillus spp.Lactococcus spp.Pseudomonas spp.Campylobacter jejuniproteinipolisaharidieDNAV naravi se mikroorganizmi običajno organizirajo v biofilme, ki so zgrajeni iz mikroorganizmov, ujetih v matrico iz zunajceličnega matriksa. Slednja je sestavljena iz polisaharidov, proteinov, eDNA, lipidov in drugih snovi ter lahko predstavlja kar 90 % suhe mase biofilma. Sestavine zunajceličnega matriksa so ključne za vzpostavitev zrelega biofilma in so odgovorne za večino koristi, ki jih imajo bakterije v biofilmu. Za izolacijo zunajceličnega matriksa se uporabljajo različne fizikalne in kemijske metode. Univerzalna metoda za izolacijo zunajceličnega matriksa ni poznana, običajno se razlikujejo glede na vrsto bakterije in komponente, ki jih želimo izolirati. Namen naloge je bil optimirati protokol za izolacijo zunajceličnega matriksa bakterij Lactococcus lactis, Lactobacillus acidophilus, Limosilactobacillus reuteri, Ligilactobacillus salivarius, Lactiplantibacillus plantarum, Pseudomonas fragi WT in Pseudomonas fragi ATCC 4973 ter analizirati sestavo zunajceličnega matriksa omenjenih bakterij. Za izolacijo zunajceličnega matriksa smo pri petih izbranih mlečnokislinskih bakterijah uporabili pet različnih metod izolacije, pri bakterijah P. fragi WT, P. fragi ATCC 4973 in pri Campylobacter jejuni pa smo uporabili devet metod za izolacijo zunajceličnega matriksa. V izolatu zunajceličnega matriksa smo opredelili vsebnost polisaharidov, proteinov in eDNA. Rezultati kažejo na to, da univerzalne metode za posamezno skupino bakterij ne moremo določiti, saj se z različnimi protokoli obogatijo različni biopolimeri v vzorcu zunajceličnega matriksa. Metoda izolacije zunajceličnega matriksa, ki povzroča najnižjo lizo celic je postopek izolacije z natrijevim kloridom. eDNA pri vseh testiranih bakterijah najuspešneje izoliramo z metodo segrevanja v natrijevem karbonatu. Ugotovili smo, da z različnimi metodami izolacije izoliramo različne vsebnosti biopolimerov v zunajceličnem matriksu, ki se razlikujejo med bakterijami iste vrste in med bakterijami različnih vrst.[N. Pavlinjek]20232023-09-28 08:15:17Magistrsko delo/naloga151042sl