Viromska analiza vzorcev slovenskih ledenikovAndrejc, Kristina (Avtor) Kutnjak, Denis (Mentor) Bacnik, Katarina (Komentor) ledenikiviromRNA virusibioinformatikaV ledenikih se kljub nizkim temperaturam, omejeni količini hranil in dosegljivosti vode skriva velika biološka raznolikost. V ledeniških mikrobnih skupnostih prevladujejo bakterije, alge in glive, v njih pa najdemo tudi viruse. Znanje o virusih v teh ekstremnih okoljih je omejeno, zato so za boljše razumevanje njihove vloge in raznolikosti potrebne nove raziskave. V magistrskem delu smo izvedli viromsko analizo vzorcev Triglavskega ledenika in ledenika pod Skuto. Iz koncentriranih vzorcev slovenskih ledenikov smo izolirali ribonukleinske kisline (RNA), jih pomnožili z naključnimi oligonukleotidnimi začetniki in sekvencirali s platformo Illumina. Iz javno dostopnih baz smo pridobili tudi podatke, pridobljene s sekvenciranjem vzorcev islandskih ledenikov. S pomočjo bioinformatskih analiz smo v pridobljenih podatkih poiskali virusna zaporedja in jih taksonomsko klasificirali. Odstotki odčitkov, ki so se klasificirali kot virusni, so tako v vzorcih slovenskih kot tudi islandskih ledenikov nizki. Kljub temu da je bil celoten postopek viromske analize usmerjen v zaznavo raznolikosti RNA virusnih zaporedij, smo v vseh vzorcih slovenskih ledenikov najbolj pogosto zaznali odčitke, ki so pripadali bakteriofagom, klasificiranim v realm Duplodnaviria. Identitete virusnih zaporedij odkritih v vzorcih slovenskih in islandskih ledenikov izkazujejo nizke podobnosti z znanimi virusnimi zaporedji iz podatkovnih baz, kar kaže na prisotnost številnih novih virusnih vrst. Nekatera sestavljena virusna zaporedja iz preučevanih skupin (virusni skupini toti-like in amalga-like) potencialno predstavljajo celotne genome novo odkritih virusov. Z reverzno transkripcijo sklopljeno kvantitativno verižno reakcijo s polimerazo smo v nekaterih vzorcih slovenskih ledenikov potrdili prisotnost nukleinskih kislin virusa blage lisavosti paprike, ki se uporablja tudi kot označevalec fekalnega onesnaženja humanega izvora. Analiza viromov slovenskih in islandskih ledenikov je tako pokazala veliko raznolikost virusnih zaporedij in prisotnost številnih novih virusov.20232023-09-20 07:16:21Magistrsko delo/naloga150501sl