Izbor kontrolnih celičnih linij za analizo izražanja kanabinoidnih receptorjev pri raku dojkeKeber, Eva (Avtor) Debeljak, Nataša (Mentor) kanabinoidni receptorjirak dojkeraven izražanjabaze podatkovRak dojk ima visoko incidenco in smrtnost. V Sloveniji vsako leto zboli več kot 1500 bolnikov. V zadnjih letih je bilo narejenih veliko raziskav o spremenjenem izražanju kanabinoidnih receptorjev v vzorcih raka dojke z nasprotujočimi si rezultati o vplivu kanabinoidov na izid zdravljenja. Nasprotujoče si raziskave so lahko posledica uporabe različnih bioloških vzorcev raka dojk (npr. tkiv, celičnih linij). Namen moje naloge je bil pokazati, da so podatkovne zbirke ustrezno orodje za določitev bioloških vzorcev, ki jih v nadaljnjih analizah izbranih genov lahko uporabimo kot notranjo kontrolo ravni izražanja; tj. pozitivno kontrolo z visoko ravnjo izražanja in negativno kontrolo z nizko ravnjo/brez izražanja. V prvem delu naloge sem na osnovi analize različnih baz podatkov (CCLE, GTEx, GeneCards, Human Protein Atlas, itd.) opredelila celične linije, ki predstavljajo pozitivno in negativno kontrolo izražanja genov za kanabinoidne receptorje CNR1 in CNR2. Analiza je pokazala, da se oba gena izražata skoraj v vseh tkivih, a da je raven izražanja CNR1 zmeraj višja kot pri CNR2. Raven izražanja gena CNR1 je višja od ravni izražanja CNR2 tudi v celičnih linijah. Kot kontrolo izražanja CNR1 sem izbrala celično linijo U-251-MG z ravnjo izražanja 8,32 log2(TPM+1). Kot negativno kontrolo za izražanje CNR1 in CNR2 sem izbrala celično linijo SK-BR-3 z ravnjo izražanja 0,0 log2(TPM+1). V drugem, laboratorijskem delu naloge, sem na izbranih celičnih linijah eksperimentalno določila teoretično opredeljeno raven izražanja. Iz celičnih linij sem izolirala celotno RNA, jo reverzno prepisala v cDNA in kvantitativno analizo izražanja genov CNR1 in CNR2 izvedla s kvantitativnim PCR. Za normalizacijo sem uporabila hišna gena RPLP0 in HPRT1. Rezultati eksperimentalne analize so pokazali, da imajo teoretično izbrane kontrolne celične linije pričakovano (visoko oz. nizko) raven izražanja genov CNR1 in CNR2. S tem sem potrdila hipotezo, da je izbor celičnih linij, ki temelji na analizi podatkovnih zbirk, verodostojen in zanesljiv.20232023-09-15 07:55:00Magistrsko delo/naloga150229sl