Povezava med sorodnostjo in ekologijo različnih sevov rodu Bacillus z uporabo podatkovne baze PATRICMerhar, Martin (Avtor) Štefanič, Polonca (Mentor) rod BacillussorodnostekologijabiogeografijaVrste, ki sestavljajo rod Bacillus združuje sposobnost tvorbe dormantnih endospor. Sicer so to izredno raznolike vrste, ki so prisotne v praktično vseh ekoloških nišah po celotnem svetu. Ravno zaradi široke ekologije in obče prisotnosti vrst smo se odločili v nalogi preveriti vpliv okolja in geografije na sorodnost sevov. Iz podatkovne baze PATRIC smo pridobili celotne genome in metapodatke sevov iz klad subtilis, cereus, pumilus in megaterium rodu Bacillus. Najprej smo naredili pregled metapodatkov. Nato smo izvedli analizo FastANI genomov in dobili distančne matrike, ki so odražale količino nukleotidnih razlik med sevi. Matrike smo uvozili v program MEGA11 in z uporabo slednjega izrisali različna filogenetska drevesa, na podlagi katerih smo opazovali sorodnost sevov znotraj posameznih ter kako na sorodnost sevov znotraj iste vrste vplivata okolje in geografija. Filogenetska drevesa klad na podlagi rezultatov FastANI so omogočala dobro razlikovanje med vrstami, razen pri kladah pumilus, ki je imela kar nekaj napačno determiniranih sevov, ter cereus. Slednjo sestavljajo genetsko zelo sorodne vrste, a se ločujejo zaradi pomembnih razlik v fenotipu. Na podlagi filogenetskih dreves posameznih vrst, z ločevanjem sevov glede na metapodatke o njihovi ekologiji in geografiji, smo opazili nekatere ponavljajoče vzorce, ki so kazali vpliv okolja in geografije na sorodnost sevov znotraj vrst, a ti niso bili dovolj očitni, da bi lahko naredili zanesljive zaključke.20232023-09-13 08:15:53Diplomsko delo/naloga150022sl