<?xml version="1.0"?>
<rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/"><rdf:Description rdf:about="https://repozitorij.uni-lj.si/IzpisGradiva.php?id=149387"><dc:title>Poskus direktnega določanja nukleotidnega zaporedja pomnožkov za določevanje črtne kode DNA škorpijonov</dc:title><dc:creator>Tomšič,	Jakob	(Avtor)
	</dc:creator><dc:creator>Dolinar,	Marko	(Mentor)
	</dc:creator><dc:subject>škorpijoni</dc:subject><dc:subject>črtna koda DNA</dc:subject><dc:subject>direktno določanje zaporedja PCR-produktov</dc:subject><dc:description>Metoda črtne kode DNA je širokospektralna metoda, ki se uporablja v taksonomiji, agronomiji, evolucijski biologiji itd. Temelji na identifikaciji živih in mrtvih organizmov na podlagi standardne regije, ki je značilna za posamezno skupino organizmov. Za večino živalskih vrst je določena črtna koda DNA na 5'-koncu gena za podenoto 1 citokrom c oksidaze. V Sloveniji imamo visoko biotsko raznovrstnost škorpijonov. Tu živijo predstavniki rodov Euscorpius in Alpiscorpius, ki jih najdemo po celotni državi, tudi v visokogorju. Po trenutni taksonomiji v Sloveniji živi deset ali enajst vrst škorpijonov. Nobena v Sloveniji prisotna vrsta ni nevarna človeškemu življenju. Izolirali smo škorpijonsko celokupno DNA in za pomnoževanje regije črtne kode DNA uporabljali Folmerjeva začetna oligonukleotida LCO1490 in HCO2198. V diplomskem delu smo optimizirati proces izolacije DNA iz škorpijonov, shranjenih v etanolu, da bi pridobili kakovostno DNA, ki bi omogočala uspešno pomnoževanja regije črtne kode. Pridobljenim pomnožkom smo tako lahko določili nukleotidno zaporedje direktno, brez predhodnega vstavljanja v vektor in kloniranja v bakterijskih celicah. Direktno smo določili nukleotidna zaporedja pomnožkov, ki pa niso bila škorpijonskega izvora, ampak so, zaradi verjetne okužbe vzorcev, pripadala sovkam rodu Chrysodeixis. Zaradi težav pri delu smo v nalogo vključili tudi preiskovanje virov teh neškorpijonskih zaporedij pri določanju črtne kode DNA in določili, da so vir okužbe najverjetneje skupni laboratorijski reagenti. Primerjali smo učinkovitosti uporabe dveh kompletov reagentov za izolacijo celokupne DNA in učinkovitost PCR-pomnoževanja z dvema paroma Folmerjevih začetnih oligonukleotidov. Ugotovili smo, da ima starost in hranjenje reagentov za izolacijo ter raztopine začetnih oligonukleotidov velik vpliv na uspešnost določevanja črtne kode DNA. Kot dodatek smo predstavili alternativo direktnemu določanju, ki vključuje kloniranje in določanje nukleotidnega zaporedja črtne kode DNA v izbranem vektorju. Kloniranim vključkom smo določili nukleotidno zaporedje in ponovno potrdili okužbo vzorcev z insektno DNA sovk.</dc:description><dc:date>2023</dc:date><dc:date>2023-09-07 08:05:00</dc:date><dc:type>Diplomsko delo/naloga</dc:type><dc:identifier>149387</dc:identifier><dc:language>sl</dc:language></rdf:Description></rdf:RDF>