Izolacija in analiza lastnosti proteina gp1 bakteriofaga GIL01Praček, Neža (Avtor) Butala, Matej (Mentor) temperatni bakteriofag GIL01protein gp1Bacillus thuringiensisBakteriofag GIL01 je temperatni fag iz družine Tectiviridae, ki okužuje izolate bakterije Bacillus thuringiensis. Genom faga je linearna DNA, ki se tekom lizogenega cikla podvaja kot samostojni replikon. Prehod v litični cikel se zgodi ob sprožitvi bakterijskega sistema SOS, kot odgovor na obsežne poškodbe genoma. Za vzpostavitev in vzdrževanje lizogenega cikla potrebuje fag dva lastna proteina – gp1 in gp7 ter bakterijski represor LexA. Lastnosti proteina gp1 niso dobro poznane. Izolirali smo rekombinantni protein gp1 brez ali v kompleksu z nespecifično DNA, ki kot nečistoca tvori kompleks s proteinom gp1 tekom izolacije proteina. Z analizo interakcij med molekulami s površinsko plazmonsko resonanco smo potrdili, da se protein gp1 veže na področje promotorja P2 bakteriofaga GIL01. Za vezavo gp1 je pomemben nukleotidni motiv, ki tvori direktno ponovitev navzdol od elementa -10 promotorja P2. Glede na pridobljene rezultate predvidevamo, da operatorsko zaporedje sestavljeno iz direktne ponovitve deluje kot mesto nukleacije. Nanj se protein gp1 najprej veže in nato kooperativno polimerizira navzgor, da kot represor prekrije promotorski element P2. S promotorskim področjem P2 interagira približno sedem molekul proteina gp1, ki na DNA najverjetneje tvorijo filament. Z uporabo prečnih povezovalcev in ločbe proteinov na poliakrilamidni gelski elektroforezi v prisotnosti natrijevega dodecilsulfata smo ugotovili, da protein gp1 ne tvori oligomerov, ko je prost v raztopini. Izdelali smo tri dimenzionalni model strukture proteina gp1, ki nakazuje, da gp1 vsebuje tri ɑ-vijačnice, tri ꞵ-ravnine in pet zank.[N. Praček]20232023-09-03 07:16:06Magistrsko delo/naloga149082sl