Primerjava regulatornih regij genov Pparg, Ppargc1a in Ppargc1b pri debeli in vitki liniji mišiMarkež, Ana (Avtor) Kunej, Tanja (Mentor) Horvat, Simon (Komentor) debelostregulacija genovgenetska raznolikostSNPbioinformatikaDebelost in druge presnovne bolezni postajajo vedno večji svetovni zdravstveni in ekonomski problem in so običajno posledica porušenega ravnotežja med vnosom in porabo energije. Vzdrževanje tega ravnotežja omogočajo med drugim tudi produkti genov jedrnega receptorja Pparg in transkripcijskih kofaktorjev Ppargc1a in Ppargc1b. V raziskavi smo s pomočjo znanstvene literature, podatkovnih zbirk in bioinformacijskih orodij izvedli in silico analizo različic posameznega nukleotida (SNP) pri poligenih selekcioniranih linijah debelih (F) in vitkih (L) miši, znotraj regij različnih ravni regulacije. Preučili smo ravni regulacije na katere imajo lahko direkten vpliv SNP-ji v nukleotidnem zaporedju genov in sicer regulatorne elemente, alternativno poliadenilacijo (APA), alternativno izrezovanje introna (AS), metilacijo DNA, mikroRNA (miRNA) in potranslacijske modifikacije (PTM). Med mišjima linijama so bile ugotovljene razlike v številu in biotipu SNP-jev pri vseh treh preučevanih genih glede na referenčni mišji genom, Pparg (L = 0 in F = 3), Ppargc1a (L = 631 in F = 0), Ppargc1b (L = 3 in F = 140). V regulatornih elementih (ojačevalcih in promotorjih) so bili SNP-ji prisotni pri vseh treh genih, in sicer pri Pparg mišje linije F (n = 1), Ppargc1a mišje linije L (n = 45) in Ppargc1b mišje linije F (n = 14). To kaže na možnost sprememb v izražanju v času, lokaciji in ravni vseh treh genov, še posebej gena Ppargc1a mišje linije L in gena Ppargc1b mišje linije F. En SNP (rs244748170) se pri genu Ppargc1a mišje linije L prekriva s tremi skupki mest alternativne poliadenilacije (PAS), vendar se ne prekriva s posameznimi PAS znotraj skupkov. Iz tega sklepamo, da najverjetneje ne vpliva na regulacijo z APA. Pri nobeni od mišjih linij SNP-ji niso prisotni v regulatornih regijah AS, metilacije DNA, PTS in vezavnih mestih preučenih miRNA v maščobnem tkivu. Dodatno smo v zaporedju gena Ppargc1a mišje linije L našli drugačnosmiselen SNP (rs265764749), ki povzroči zamenjavo aminokisline arginin v cistein na mestu 629 in ima napovedan škodljiv vpliv na funkcijo proteina. Povzroči lahko porušenje strukture proteina zaradi razlik v lastnostih zamenjanih aminokislin, kar se lahko odraža v spremembi funkcije, stabilnosti in aktivnosti proteina. Identificirane spremembe lahko pripomorejo k razlagi razlik v nalaganju maščob med mišjima linijama, s čimer raziskava omogoča dodatni vpogled in podaja usmeritve ter odpira nova vprašanja v razumevanju kompleksnega mehanizma debelosti in vitkosti.20232023-07-06 07:15:26Magistrsko delo/naloga147470sl