Pojavnost odpornosti proti kolistinu in molekularna opredelitev proti kolistinu odpornih po Gramu negativnih bacilov v osrednjeslovenski regijiGerm, Julija (Avtor) Pirš, Mateja (Mentor) odpornost proti kolistinuepidemiološko spremljanjetesti za hitro določanje proti kolistinu odpornih izolatovgeni mcrsekvenciranje celotnega genomaOzadje: Kolistin učinkuje proti številnim po Gramu negativnim bacilom (GNB). Desetletja se v humani medicini skorajda ni uporabljal, uporabljali pa so ga v veterini. Zaradi naraščanja odpornosti GNB proti antibiotikom, kar je porajajoči se javnozdravstveni problem, postaja znova zanimiv za zdravljenje, podatki o pojavnosti proti kolistinu odpornih izolatov (ColR) pa so omejeni. Namen doktorske naloge je bil razjasniti razsežnost problema ColR, ugotoviti delež s ColR-GNB koloniziranih bolnikov na enotah intenzivnega zdravljenja (IE), oceniti uporabnost metod za hitro določanje ColR-izolatov ter s sekvenciranjem celotnega genoma na modelu Escherichia coli pridobiti poglobljene informacije o izolatih ColR v osrednjeslovenskem prostoru. Metode: S selektivnim gojiščem smo na ColR presejalno testirali izolate GNB. Pri 1176 prospektivno zbranih izolatih GNB smo določili minimalno inhibitorno koncentracijo za kolistin. Nadzorne kužnine bolnikov na IE smo analizirali z dvema protokoloma. Rezultate treh metod za hitro določanje ColR smo primerjali z rezultati mikrodilucije. Sekvencirali smo celotni genom 21 izolatov ColR E. coli. Rezultati: Deleži ColR med izolati E. coli, Klebsiella pneumoniae, Enterobacter spp., Citrobacter spp., Pseudomonas aeruginosa in Acinetobacter baumannii so bili 3,4 %, 6,3 %, 24,7 %, 5,1 %, 11,7 % in 23,7 %. Uvedli smo dvostopenjsko epidemiološko spremljanje ColR s specifičnostjo 99,5 % in občutljivostjo 87,5 %. S ColR je bilo koloniziranih 9,4 % bolnikov. Za najustreznejši test za hitro določanje ColR sta se izkazala Rapid Polymyxin NP (Enterobacterales) in Rapid ResaPolymyxin NP (A. baumannii). Pri enem ColR-izolatu E. coli smo našli gen mcr-1, pri ostalih ColR-izolatih smo našli le kromosomske mutacije genov povezanih z odpornostjo proti kolistinu. Zaključki: Ugotovili smo višji delež ColR izolatov od pričakovanega. Za ugotavljanje kolonizacije s ColR je optimalen protokol s predinkubacijo. Nekaj metod za hitro določanje ColR-izolatov je obetavnih, rezultat je potrebno potrditi z mikrodilucijo. Odpornost posredovana z genom mcr-1 pri E. coli je redka, prevladujejo kromosomske mutacije, izolati se pojavljajo sporadično.20232023-07-05 07:15:11Doktorsko delo/naloga147399sl