Strukturna študija G-kvadrupleksa dolge nekodirajoče RNA psevdogena REG1CPLaznik, Sara (Avtor) Plavec, Janez (Mentor) G-kvadruplekslncRNANMR spektroskopijaFANCJtumorigenostG-kvadrupleks se lahko potencialno tvori na dolgi nekodirajoči RNA psevdogena REG1CP, ki interagira s helikazo FANCJ. Interakcija vpliva na transkripcijo gena REG3A, kar je povezano z napredovanjem raka debelega črevesa. V magistrskem delu smo dokazali, da izbrano zaporedje iz dolge nekodirajoče RNA REG1CP tvori G kvadrupleks s tremi naloženimi G kvarteti. Pri sobni temperaturi je oligonukleotid v raztopini obstajal v dveh sekundarnih oblikah, ki sta v ravnotežju, in sicer kot lasnica in G kvadrupleks RNA. Pri fiziološki temperaturi se je to ravnotežje pomaknilo proti tvorbi G kvadrupleksa, kar nakazuje na to, da je tudi in vivo bolj zastopan G kvadrupleks. Iz zaporedja dolge nekodirajoče RNA (lncRNA) smo sintetizirali različno dolge oligonukleotide RNA in z zamenjavami posameznih nukleotidov dobili zaporedje, ki ima dobro ločene resonance v NMR spektru. Določili smo njegovo termično stabilnost in s pomočjo NMR spektroskopije proučevali 3D strukturo G-kvadrupleksa REG1CP. S pomočjo CD spektroskopije smo ugotovili, da ima omenjeni G-kvadrupleks paralelno topologijo. Prav tako smo G-kvadrupleks titrirali z različnimi peptidi in spremljali interakcije G kvadrupleks:peptid. S peptidoma Rhau18 in Rhau23 je G-kvadrupleks REG1CP tvoril kompleks. S peptidom iz zaporedja helikaze FANCJ je z G kvadrupleksom prišlo do šibkejše interakcije.20232023-06-20 16:23:55Magistrsko delo/naloga147018sl