Identifikacija in validacija z matičnimi celicami povezanih genov v razvoju in napredovanju raka debelega črevesa in dankeUrh, Kristian (Avtor) Boštjančič, Emanuela (Mentor) Zidar, Nina (Komentor) rak debelega črevesa in danketumorske matične celiceizražanje genovmikro RNAbioinformatska analizaRak debelega črevesa in danke (RDČD) je med najpogostejšimi rakavimi obolenji. Večina RDČD se pojavi sporadično, poznamo pet stopenj, od zdrave črevesne sluznice, adenomov do napredovalega karcinoma z zasevki. Pomembno vlogo v razvoju RDČD imajo tumorske celice z lastnostmi matičnih celic (MC). Predpostavljamo, da so razlike v izražanju izbranih genov povezane z MC, v razvoju RDČD in da izbrane miRNA regulirajo izbrane gene. Z bioinformatskimi orodji smo analizirali prosto dostopne podatke izražanja RNA, pridobljene s sekvenciranjem in mikromrežami za vzorce adenomov, RDČD in pripadajoče črevesne sluznice. Za nadaljnjo validacijo s kvantitativno verižno reakcijo s polimerazo smo izbrali gene, povezane z MC (ANLN, CDK1, ECT2 L1TD1, PDGFD, SLITRK6, ST6GALNAC1, TCEA3, TNC in TNXB) in napovedane izbrane potencialno regulatorne mikro RNA (miRNA). Za validacijo izražanja smo uporabili tkivne vzorce bolnikov z adenomi, adenomi z zgodnjim RDČD, RDČD brez zasevanja in z zasevanjem. Funkcijo izbranega proteina smo opredelili z utišanjem na celičnih linijah PC3 in HT-29. Pridobili smo dokaze, da je spremenjeno izražanje genov ANLN, ECT2, TCEA3 in TNC potencialno povezano z maligno transformacijo, z zasevanjem pa genov ANLN, CDK1, ECT2, L1TD1, SLITRK6, ST6GALNAC1 in TCEA3. Izbranih genov nismo uspeli povezati z predpostavljenimi potencialno regulatornimi miRNA.20232023-06-16 08:15:17Doktorsko delo/naloga146925sl