Primerjava regulatornih regij genov HIF pri debeli in vitki liniji mišiRečnik, Matevž (Avtor) Kunej, Tanja (Mentor) Horvat, Simon (Komentor) geni Hifhipoksija maščobnega tkivamišipoligenska debelostregulatorne regijePovišana raven nalaganja maščob pri debelosti ima večfaktorsko etiologijo. V zelo redkih primerih je rezultat ene same mutacije z velikim učinkom (monogena oblika) ali pa je posledica številnih genetskih različic z majhnimi učinki, vpliv katerih se sešteva v poligensko obliko debelosti. Slednjo obliko je težje diagnosticirati, ker je kvantitativni in kvalitativni doprinos različnih genov k bolezni v veliki meri še nepoznan, znano je le, da so učinki zelo majhni. Genska družina HIF je primer takšne skupine metabolno pomembnih genov, ki so aktivni tudi v maščobnem tkivu debelih posameznikov. Povezali so jih s kroničnimi vnetji, ki so eden izmed vzrokov za razvoj sladkorne bolezni tipa 2 in drugih metabolnih bolezni. Njihova morebitna vloga pri razvoju poligenske debelosti je še nepoznana. Namen te raziskave je bil odkriti razlike v regulatornih regijah genske družine Hif (Hif1, Epas1 in Hif3a) med selekcioniranima skupinama laboratorijskih miši. Po 60 generacijah selekcije med njima obstaja več kot petkratna razlika v masi telesnega maščevja. Odkrite različice smo umestili v referenčno zaporedje iz zbirke Ensembl in SwissRegulon, prikazali pa smo jih v programu GenomeBrowse. Rezultati bioinformacijske analize so pokazali, da je med linijama znotraj teh genov 418 razlik v zaporedju, večina v genu Hif1a debele linije. Od vseh odkritih različic se jih 24 nahaja v poznanih regulatornih zaporedjih. Glede na lokacijo različic v genih in vrednost GERP smo iz širokega nabora podatkov izbrali 28 različic nukleotidnega zaporedja, ki predstavljajo obetavne kandidate za nadaljnje raziskovanje in oceno njihove morebitne kavzalne vloge pri razvoju debelosti.20232023-01-29 07:15:27Magistrsko delo/naloga144050sl