Karakterizacija bakterijskih izolatov in opis nove vrste rodu Prevotella iz vampa ovceGrabner, Eva (Avtor) Accetto, Tomaž (Mentor) Prevotellavampna mikrobiotaanaerobni mikroorganizmiprimerjalna genomikafilogenijakarakterizacija vrstelokusi za utilizacijo polisaharidovV magistrskem delu smo karakterizirali 11 striktno anaerobnih sevov, izoliranih iz ovčjega vampa v Sloveniji v dvomesečnem obdobju (Stare, 2021). Preučevani sevi se uvrščajo v rod Prevotella in oblikujejo šest domnevnih vrst. Eno izmed vrst, v katero se poleg šestih preučevanih sevov uvrščata tudi dva na Japonskem izolirana seva, smo izbrali za formalni opis. Z uporabo sekvenc celotnih genomov smo ugotovili, da sta dva izmed sevov, izolirana v različnih časovnih točkah, identična. Ostali sevi oblikujejo jasno ločene razvojne linije znotraj vrste. Drugi preučevani sevi pripadajo petim novim vrstam Prevotella, kar smo potrdili s primerjavo z vsemi znanimi črevesnimi in vampnimi sevi rodu. Preučili smo zmožnosti razgradnje rastlinskih polisaharidov vseh šestih domnevnih vrst in ugotovili, da vsaka od njih razgrajuje drugačen nabor polisaharidov. Zmožnost uporabe polisaharidov je predvideno ena od bistvenih prilagoditev vampnih Prevotella. Raznolikost uporabe hranil po vsej verjetnosti prispeva k manjšanju kompeticije med vrstami. Sevi nove vrste razgrajujejo ksilane in pektine in ne razgrajujejo škroba, slednje je pri rodu Prevotella nepričakovano. Eden izmed sevov je izgubil zmožnost razgradnje inulina, kar smo potrdili tudi z genomsko analizo. Kot je značilno za rod Prevotella, sevi nove vrste fermentativno proizvajajo sukcinat in ocetno kislino ter ob prisotnosti žolčnih kislin v gojišču ne rastejo. Z uporabo testov API in analizo membranskih dolgoverižnih maščobnih kislin smo opisali diferencialne označevalce, ki novo vrsto Prevotella jasno ločijo od že opisanih. Nova vrsta je v vampu pogosta, saj je bila najdena v vseh preučenih metagenomskih vzorcih goveda in ovc. Z delom smo želeli razširiti nabor gojenih in karakteriziranih vampnih vrst rodu Prevotella, saj je kljub njihovi abundanci trenutno priznanih le pet vrst, izoliranih iz vampa.[E. Grabner]20222022-12-15 07:15:09Magistrsko delo/naloga143327sl