Vzorec izražanja genov v endometriju v stanju receptivnosti pri preiskovankah z adenomiozoPrašnikar, Erika (Avtor) Kovačič, Borut (Mentor) Kunej, Tanja (Komentor) adenomizabioinformatikaendometrijska receptivnostendometriozagenetikaintegracija podatkovqPCRRNA-seqobogatitvene analizetranskriptomikaNižja stopnja zanositve pri ženskah z adenomiozo maternice se povezuje z ovirano endometrijsko receptivnostjo za vgnezdenje zarodka. Pripadajoči molekularni vzroki so slabo raziskani zaradi preteklih tehnoloških omejitev neinvazivnih diagnostičnih metod za odkrivanje adenomioze. S pristopi sistemske biologije smo zato identificirali kandidatne biološke poti/gene spremenjene endometrijske receptivnosti pri adenomiozi. Izvedli smo analizo RNA sekvenciranja (RNA-seq) endometrija v pričakovanem stanju receptivnosti ženskam z (n = 10) in brez (n = 10) ultrazvočnih znakov adenomioze. Identificirane spremenjeno izražene gene smo dalje integrirali s podatki iz pregleda literature, da bi razumeli njihov pomen v povezavi z molekularno biologijo endometrija. Zbrali smo poročane transkripte in proteine, povezane z endometrijsko receptivnostjo pri adenomiozi, pri sorodni, a bolje raziskani endometriozi in pri zdravi maternici, ter poenotili njihovo poimenovanje po genski nomeklaturi zbirke HGNC. S primerjavo podatkov RNA-seq samo potrjeno receptivnih vzorcev (8 adenomioznih in 5 kontrolnih) smo zaznali 382 spremenjeno izraženih genov (p < 0,05), ki so bili v največji meri obogateni v poteh, povezanih z odzivi na signalizacijo interferonov, in v poti celične adhezije. Z integracijo zbranih 382 (RNA-seq), 42 (adenomioza), 173 (endometrioza) in 151 (zdrava maternica) genov smo identificirali obogatene poti organizacija zunajceličnega matriksa, regulacija reproduktivnih procesov, odziv na VEGF in signalizacija z interlevkini, ki jih predlagamo kot dodatne kandidate za preučevanje endometrijske receptivnosti pri adenomiozi. Rezultate RNA-seq omejuje neznačilno spremenjeno izražanje genov po popravku vrednosti p (FDR > 0,05), kar bi lahko bila posledica nizkega števila uporabljenih vzorcev. Na podlagi analize podatkov iz dosedanje literature in lastnih rezultatov RNA-seq sklepamo, da je endometrijska receptivnost pri ženskah z adenomiozo spremenjena na ravni signalizacije s citokini imunskega sistema.20222022-11-19 07:15:03Doktorsko delo/naloga142668sl