Mikrobiom Sečoveljskih solinStrmečki, Ivana (Avtor) Zalar, Polona (Mentor) Turk, Martina (Komentor) solineslanicagrenčicahalofiliglivebakterijearhejegojitveni pristopmetagenomski pristopsekvenciranje naslednje generacijeSolarne soline sestavlja zaporedje bazenov, kjer se morska voda na račun izhlapevanja postopoma koncentrira do obarjanja halita, glavnega proizvoda dejavnosti. Po pobiranju halita ostane v bazenih grenčica, ki je zaradi vsebnosti visokih koncentracij magnezijevih soli do nedavnega veljala za aseptično okolje. Namen našega dela je opisati mikrobno pestrost v Sečoveljskih solinah (arheje, bakterije, glive, drugi evkarionti) v slanici različnih koncentracij in grenčici. Za detekcijo vseh omenjenih skupin razen drugih evkariontov smo uporabili klasične gojitvene pristope in izolate identificirali s pomočjo molekularnih označevalcev. Za vse omenjene skupine smo uporabili tudi od gojenja neodvisen metagenomski pristop s sekvenciranjem kratkih pomnožkov (sekvenciranje naslednje generacije oz. NGS). Iz slanice smo identificirali 34 glivnih izolatov iz 7 rodov, iz grenčice pa 2 izolata iz 2 rodov. Med njimi prevladujejo glive iz debla Ascomycota, najštevilčnejši so rodovi Cladosporium, Aspergillus, Penicillium, ter bazidiomicetni rod Wallemia. Prisotne so tudi črne (Dothideales) in nemelanizirane asko- in bazidiomicetne kvasovke. S sekvenciranjem kratkih pomnožkov regije ITS2 smo zaznali prisotnost 73 različnih rodov gliv, med njimi ni bilo črnih kvasovk. Iz slanic različnih slanosti smo izolirali 45 bakterijskih izolatov, iz rodov Bacillus, Chromohalobacter, Cobetia, Halomonas, Larsenimonas, Salicola, Salinicola in Staphylococcus ter 7 arhej rodov Halorubrum in Halococcus. V slanici in grenčici kristalizacijskih bazenov smo s sekvenciranjem kratkih pomnožkov variabilnih regij 16S rDNA pokazali prevlado bakterijskih rodov Salinibacter in Salinivenus, ter rodu arhej Halorubrum. Z naraščajočo slanostjo alfa diverziteta bakterij, arhej in ostalih evkariontov pada, medtem ko je alfa-diverziteta gliv najnižja pri vmesnih slanostih (10–20 % NaCl).[I. Strmečki]20222022-10-08 07:15:08Magistrsko delo/naloga141777sl