Priprava proti ciprofloksacinu odpornega seva N4i bakterije Escherichia coliDrčar, Petra (Avtor) Starčič Erjavec, Marjanca (Mentor) Kastrin, Andrej (Komentor) antibiotikiodpornostciprofloksacinalternativaEscherichia coliZaradi naraščanja števila proti antibiotikom odpornih bakterij, se vedno bolj izraža potreba po alternativnih protimikrobnih učinkovinah. Ena izmed njih je konjugativni plazmid pOX38a z zapisom za kolicin E7. Za preverjanje njegove učinkovitosti smo v okviru magistrske naloge s transdukcijo želeli pripraviti proti ciprofloxacinu odporen sev N4i bakterije Escherichia coli. S karakterizacijo (plazmidna izolacija, konjugacija na plošči in preverjanje bakteriocinske aktivnosti ) naravnih uropatogenih, proti ciprofloksacinu odpornih sevov DL bakterije E. coli, smo izbrali sev, iz katerega smo v več poskusih transducirali zapis odpornosti proti ciprofloxacinu v sev N4i. Ker s transdukcijo nismo uspeli prenesti zapisa, smo proti ciprofloksacinu odporen sev N4i, selekcionirali s precepljanjem v gojiščih z naraščajočo koncentracijo ciprofloksacina. Genom pridobljenega seva N4i smo sekvencirali z napravo GridIon. Pridobljeni podatki so bili obdelani s pripadajočo programsko opremo MinKNOW, sledilo je demultipleksiranje in identifikacija nukleotidnih baz iz surovih podatkov, z uporabo programa Guppy. Sestavljanje genoma de novo je potekalo s pomočjo algoritma Flye. Sestavljeno nukleotidno zaporedje smo primerjali z zaporedjem seva Nissle 1917, ki je dostopno v podatkovni bazi NCBI. Preverili smo tudi ali so ugotovljene razlike v nukleotidnem zaporedju locirane v že znanih genih, povezanih z odpornostjo proti fluorokinolonskim antibiotikom.[P. Drčar]20222022-09-16 07:17:09Magistrsko delo/naloga140577sl