Molekulsko kloniranje in filogenetske analize nekodirajočih RNA YTrifkovič, Maja (Avtor) Župunski, Vera (Mentor) RNA Ykloniranje IVAfilogenetska analizaNekodirajoče RNA Y so bile odkrite pri večini vretenčarjev, njihovi homologi ali njim podobne molekule pa tudi pri drugih organizmih. Imajo značilno sekundarno strukturo, sestavljeno iz stebel in zank in se povezujejo s številnimi proteini, najpogosteje s proteinoma Ro60 in La. Čeprav vse njihove funkcije še niso znane, naj bi sodelovale pri iniciaciji replikacije kromosomske DNA in v kompleksu z Ro60 pri vezavi in razgradnji nepravilno zvitih RNA. V okviru eksperimentalnega dela diplomske naloge smo z metodo kloniranja s sestavljanjem in vivo (kloniranje IVA) uspešno vstavili zapise za vse štiri človeške RNA Y (hY1, hY3, hY4 in hY5) v vektor pcDNA3.1-U6 za njihovo izražanje v sesalskih celicah. Drugi del diplomske naloge pa predstavljajo filogenetske analize zaporedij RNA Y iz različnih organizmov in primerjava s sorodstvenimi odnosi znotraj sesalcev. Ugotovili smo, da so zaporedja RNY1 in RNY3 iz različnih organizmov zelo podobna, medtem ko so zaporedja RNY4 in RNY5 bolj različna. S filogenetsko analizo človeških RNA Y smo ugotovili, da so te najverjetneje nastale s podvojitvijo genov. Najprej je prišlo do podvojitve gena za hY4, nastal je gen za hY1, ki se je prav tako podvojil in iz njega sta nastala gena za hY3 in hY5. Našli smo tudi šest različnih zaporedij RNA Y opice rezus makak (Macaca mulatta), pri kateri je najverjetneje prišlo še dodatnih podvojevanj genov. S filogenetsko analizo genov vsake od štirih RNA Y iz različnih organizmov smo ugotovili, da filogenija RNA Y ne ustreza popolnoma sorodstvenim odnosom znotraj sesalcev. Zaporedja RNA Y mogoče sicer niso najbolj primerna izbira za tovrstne analize, saj so kratka in med seboj zelo podobna. Prav tako je bil nabor zaporedij iz različnih organizmov neuravnotežen (prevladovala so zaporedja primatov, ki so bila večinoma identična).20222022-09-15 11:10:01Diplomsko delo/naloga140523sl