Bioinformacijski postopki obdelave podatkov RNA-seqMiklavčič, Juš (Avtor) Jakše, Jernej (Mentor) RNA-seqsekvenciranjeNGStranskriptomdiferencialno izražanjeSekvenciranje RNA je molekularna tehnika z vrsto različnih aplikacij, za kar obstaja ogromno različnih pristopov in poti analize podatkov. V zadnjih nekaj desetletjih je RNA-seq znatno napredoval, kar ga je utemeljilo kot prvenstven pristop v transkriptomiki za določanje stopnje izraženosti genov oz. njihovih transkriptov. Le ta uporablja sposobnosti že obstoječih visoko pretočnih metod sekvenciranja naslednje generacije za pridobitev vpogleda v trenuten transkriptom tkiva. Posledično je tehnika zelo priljubljena v raziskavah interakcij bioloških sistemov in vplivov farmakoloških substanc, okolja in fiziološkega stanja na tkivo ali celice. Obstaja vrsto različnih pristopov k RNA-seq, tehnologija pa se tudi še vedno aktivno razvija. Običanjo sosledje korakov v analizi je filtriranje podatkov, kartiranje, sestavljanje transkriptov in kvantifikacija stopnje ekspresije. Vsak izmed teh korakov predstavlja velik nabor različnih možnosti in pristopov k analizi podatkov. Raziskujejo se tudi nove implementacije metode in inovacije na strani programske opreme in laboratorijskih metod pridobivanja podatkov. Vse to prispeva k boljšem razumevanju RNA biologije in odgovarja na vprašanja, kot so kje in kdaj se dejansko zgodi transkripcija ter kakšni so vplivi intramolekularnih interakcij, ki določajo funkcijo RNA molekulam. Moj namen je v naslednjih poglavjih strnjeno predstaviti ozadje, teorijo in praktično izvedbo vsakega od omenjenih korakov obdelave podatkov RNA-seq analize.20222022-09-11 07:17:36Diplomsko delo/naloga140114sl