Analiza raznolikosti kloroplastnega genoma vinske trte s pristopom visoko zmogljivega sekvenciranjaKasunič, Tomaž (Avtor) Štajner, Nataša (Mentor) Jakše, Jernej (Komentor) vinska trtakloroplastna DNAsekvenciranje naslednje generacijeodkrivanje različictarčno sekvenciranjeVinska trta (Vitis vinifera L.) predstavlja eno izmed ekonomsko in kulturnih najpomembnejših kmetijskih rastlin. Gre tudi za eno najbolj raznovrstnih rastlinskih vrst, saj se v svetovnem merilu v komercialne namene goji več tisoč različnih sort. Pri določanju filogenetskih razmerij med različnimi genotipi je izrednega pomena analiza kloroplastne DNA (cpDNA). Z netarčnim pristopom smo z visoko zmogljivim sekvenciranjem s tehnologijo Ion Torrent iz celokupne genomske DNA določili nukleotidno zaporedje cpDNA skupno 409 vzorcem vinske trte iz Slovenije in drugih evropskih držav. Z bioinformatsko analizo smo v omenjenem naboru vzorcev odkrili 93 različic posameznega nukleotida ter 102 različni zaporedji cpDNA. Z analizo haplotipov smo odkrili, da se kloroplastni genotipi vzorcev razlikujejo glede na njihov geografski izvor. Ker so bile sekvenčne knjižnice pripravljene z neuveljavljenim, cenovno sprejemljivejšim postopkom, smo želeli primernost pristopa preveriti s podatki za 24 kloroplastnih SNP označevalcev. Ti podatki so bili pridobljeni s pristopom tarčnega sekvenciranja, pri katerem so bili sekvencirani zgolj odseki DNA, ki vsebujejo mesta znanih kloroplastnih SNP. Primerjava obeh pristopov je pokazala majhen delež razlik, ki so bile predvsem posledica parametrov, ki smo jih uporabili pri obdelavi podatkov.20222022-09-09 07:15:08Magistrsko delo/naloga139943sl