<?xml version="1.0"?>
<rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/"><rdf:Description rdf:about="https://repozitorij.uni-lj.si/IzpisGradiva.php?id=138803"><dc:title>Sekvenciranje mitohondrijskega genoma z uporabo CRISPR/Cas9 in tehnologije sekvenciranja DNA z nanoporo</dc:title><dc:creator>Slapnik,	Barbara	(Avtor)
	</dc:creator><dc:creator>Debeljak,	Maruša	(Mentor)
	</dc:creator><dc:creator>Župunski,	Vera	(Komentor)
	</dc:creator><dc:subject>mitohondrijski genom</dc:subject><dc:subject>mitohondrijske bolezni</dc:subject><dc:subject>heteroplazmija</dc:subject><dc:subject>epigenetika</dc:subject><dc:subject>sekvenciranje DNA z nanoporo</dc:subject><dc:description>Genetske spremembe v mitohondrijskem genomu so pomemben dejavnik pri razvoju mitohondrijskih bolezni. Te uvrščamo v skupino heterogenih bolezni, za katere je značilno pomanjkanje celične energije. Priprava knjižnice za sekvenciranje z uporabo CRISPR/Cas9 in tehnologija sekvenciranja DNA z nanoporo nam omogočata obogatitev mitohondrijskega genoma brez tarčnega pomnoževanja s PCR. Produkt takšnega sekvenciranja so dolgi odčitki (&gt;10 kb), ki omogočajo sestavljanje mitohondrijskega genoma de novo in detekcijo večjih delecij ter ponovitvenih regij. Pri magistrskem delu smo dokazali, da lahko s tehnologijo CRISPR/Cas9 in sekvenciranjem z nanoporo obogatimo mitohondrijski genom in generiramo odčitke, ki pokrijejo celotno dolžino mitohondrijske DNA (mtDNA). Preverili smo različne bioinformacijske pristope, ki jih lahko uporabljamo pri analizi podatkov in rezultate med sabo primerjali za iskanje genetskih sprememb. Nato smo preverili zmožnosti tehnologije sekvenciranja z nanoporo za detekcijo nizkostopenjskih heteroplazmij, pri katerih celica vsebuje nizek delež mutirane mtDNA v primerjavi z mtDNA divjega tipa. Ugotovili smo, da lahko s to tehnologijo detektiramo do 10 % heteroplazmije. Detekcija heteroplazmije je pomembna pri diagnozi mitohondrijskih bolezni, saj lahko učinek ozkega grla med oogenezo in embriogenezo vodi do razvoja višje stopnje heteroplazmije, ki povzroči fenotipsko izražanje bolezni. Tehnologija sekvenciranja z nanoporo nam omogoča tudi identifikacijo modificiranih baz, ki so pomembne pri regulaciji izražanja genov. Pri analizi smo identificirali prisotnost 5-metilcitozinov na mtDNA in ugotovili, da je njihova frekvenca nizka.  Uporaba zgoraj omenjenega pristopa bi omogočila globlje razumevanje mitohondrijske genetike in epigenetike ter posledično delovanja mitohondrija.</dc:description><dc:date>2022</dc:date><dc:date>2022-08-18 13:40:01</dc:date><dc:type>Magistrsko delo/naloga</dc:type><dc:identifier>138803</dc:identifier><dc:language>sl</dc:language></rdf:Description></rdf:RDF>