Vzpostavitev metode za ugotavljanje prisotnosti patogene glive Phyllosticta citricarpaFišer, Sara (Avtor) Gostinčar, Cene (Mentor) Kogovšek, Polona (Komentor) Phyllosticta citricarpačrna pegavost agrumovpatogena glivarastlinski patogenizolacija DNAPCR v realnem časuvzpostavitev metodevalidacija testaITSTEF1Karantenska patogena gliva Phyllosticta citricarpa je povzročiteljica črne pegavosti agrumov. Zaradi nevarnosti njene razširitve v evropski prostor v ogroženih nasadih potekajo vzorčenja zraka in dežja. Analiza vzorcev je potekala v sklopu magistrske naloge, kjer smo z uporabo optimiziranega postopka izolacije DNA in testov qPCR preverjali prisotnost glive. Poleg kontrolnih testov 18S (komercialni test, Applied Biosystems), Yeast (Hierro in sod., 2006) in FungiQuant (Liu in sod., 2012), za specifično določevanje glive uporabljamo testa PC (van Gent-Pelzer in sod., 2007) in PC-2 (Schirmacher in sod., 2019). Testa na podlagi zaporedja ITS ločujeta P. citricarpa od P. capitalensis in P. citriasiana, ne pa tudi od P. paracitricarpa, zato je bil naš namen vzpostaviti in validirati nov qPCR test TEF1, ki bi to omogočal. Z zastavljenimi poskusi smo dokazali njegovo strogo specifičnost za P. citricarpa, visoko občutljivost in robustnost. Pokazali smo linearnost testa v širokem območju in z večkratnim izvajanjem poskusov dokazali njegovo ponovljivost. Ocenili smo ga kot primernega za nadaljnjo uporabo v diagnostične namene. Analizirali smo realne vzorce zraka in ugotovili, da iskani patogen v njih ni prisoten, kar pomeni, da se še ni razširil v evropski prostor.[S. Fišer]20222022-07-14 07:15:43Magistrsko delo/naloga138289sl