Funkcijska anotacija diferenčno izraženih krožnih RNA v raku jeterNemec, Oskar (Avtor) Režen, Tadeja (Mentor) krožne RNAhepatocelularni karcinomRT-qPCRfunkcijska anotacijaKrožne RNA uravnavajo številne procese v celicah in mnoge med njimi imajo vlogo v patofizioloških procesih, kot je razvoj raka. Imajo zelo raznolike funkcije od vezave miRNA in proteinov ter uravnavanja njihove vloge do prepisa v proteine. Pri raku imajo krožne RNA spremenjeno izražanje in delujejo kot onkogeni ali tumorski supresorji. Diplomsko delo se osredotoča na vlogo krožnih RNA v primarnem raku jeter, čigar najpogostejša vrsta je hepatocelularni karcinom (HCC). Zaradi omejenih simptomov in pomanjkanja učinkovitih bioloških označevalcev za zgodnjo diagnozo gre za enega od vodilnih vzrokov smrti zaradi raka na svetu. Namen diplomske naloge je bil uporaba različnih bioinformatskih orodij in podatkovnih zbirk za napoved funkcije krožnih RNA, ki imajo spremenjeno izražanje v tumorjih raka jeter, in eksperimentalna validacija njihovega izražanja v modelnih celičnih linijah raka jeter. Po funkcijski anotaciji smo kot kandidate izbrali eksosomske krožne RNA in s pomočjo metode RT-qPCR uspešno potrdili njihovo izražanje v modelnih celičnih linijah raka jeter (HepG2, Huh-7, SNU-449) in liniji jetrnih pericitov (LX-2). Izražanje smo izrazili relativno na kontrolno linijo THLE-5b in ugotovili, da se določene krožne RNA v uporabljenih celičnih linijah čezmerno izražajo, druge pa znižano. Ugotovili smo, da se podatki v večini uporabljenih podatkovnih zbirk ne prekrivajo, saj gre večinoma za eksperimentalno nepotrjene de novo napovedih z različnimi algoritmi in ne za eksperimentalno pridobljene podatke, ter da je nivo izražanja krožnih RNA v različnih linijah raka jeter različen.20222022-02-03 08:25:01Diplomsko delo/naloga134814sl