Analiza transkriptomskih podatkov in prikaz dinamike prepisovanja genov ob sprožitvi litičnega cikla bakteriofaga GIL01 v bakteriji Bacillus thuringiensisLovše, Anže (Avtor) Butala, Matej (Mentor) Kokošar , Janez (Komentor) Bacillus thuringiensistemperatni fag GIL01plazmid pBtic235dinamika transkriptomabioinformatski cevovodBakterija B. thuringiensis serotip israelensis je pomemben biopesticid, ki se uporablja za biološki nadzor komarjev. Izolati te bakterije vključujejo več zunajkromosomskih elementov. Linearni element GIL01 in krožni plazmid pBtic235 nosita zapis za bakteriofaga, ki ob poškodbah DNA preideta iz lizogenega v litični cikel. V magistrskem delu smo s sekvenciranjem RNA raziskali dinamiko transkriptoma med indukcijo litičnega cikla bakteriofaga GIL01 in vpliv na plazmid pBtic235. Za ta namen smo razvili cevovod, ki omogoča jasno in ponovljivo analizo podatkov sekvenciranja RNA. Dokažemo zvečanje izražanja gostiteljevih genov, vključenih v odgovor SOS in popravilo poškodb DNA, ki kažejo vrh izražanja po 30 minutah od indukcije. Podoben vzorec izražanja smo odkrili tudi na plazmidu GIL01, kjer se poviša izražanje regulatornih genov pod promotorjem P1 in na plazmidu pBtic235. Poleg tega smo pokazali, da je nivo izražanja genov za strukturne in litične proteine GIL01 konstanten in se ne spreminja v odvisnosti od časa ali indukcije, kar nakazuje na specifično uravnavanje prepisa slednjih genov. Vzorec izražanja na plazmidu GIL01 nakazuje na dva funkcionalna modula, ki sta najverjetneje ločena transkripta. Kot prvi smo opisali dinamiko transkriptoma po sprožitvi poškodbe DNA v entomopatogenu B. thuringiensis, ki vključuje plazmida GIL01 in pBtic235.[A. Lovše]20212021-11-11 09:24:49Magistrsko delo/naloga133097sl