Razvoj računalniškega grafičnega vmesnika v programu PyMOL za strukturno in na osnovi-liganda podprto načrtovanje zdravilJurić, Vito (Avtor) Gobec, Stanislav (Mentor) Konc, Janez (Komentor) In silicoPyMOLgrafični uporabniški vmesnikvirtualno rešetanjeohranjena vodaVtičniki za in silico razvoj zdravil LiSiCA GUI, ProBiS H2O in ProBiS H2O MD so vtičniki za program PyMOL. PyMOL je eno najbolj razširjenih orodij za 3D molekularno vizualizacijo. Z zadnjimi nadgradnjami programa PyMOL so se spremenile zahteve za vtičnike, kot so sprememba zahtevanega programskega jezika iz Python 2 v Python 3 in sprememba osnove za grafični uporabniški vmesnik iz Tcl/Tk v PyQt. Te spremembe v zahtevah pomenijo, da vtičnikov LiSiCA GUI, ProBiS H2O in ProBiS H2O MD ni več mogoče zagnati in uporabljati. Odločili smo se, da jih prepišemo v skladu z zahtevami programa PyMOL in jim dodamo nove funkcije, kjer je to smiselno. Z LiSiCA GUI vtičnikom se tako lahko spet izvaja in silico 2D in 3D rešetanje na podlagi Tanimotovega indeksa; z vtičnikom ProBiS H2O je ponovno omogočena analiza ohranjenih vod na strukturi analiziranega proteina glede na strukture podobnih proteinov; z vtičnikom ProBiS H2O MD pa je usposobljena analiza ohranjenih vod na strukturi analiziranega proteina glede na spreminjane 3D strukture tekom trajektorije, dobljene z molekulsko dinamiko tega proteina. Za poenotenje vtičnikov LiSiCA GUI, ProBiS H2O in ProBiS H2O MD smo razvili tudi nov vtičnik InsilabGUI, ki vsebuje te vtičnike, kar olajša in poenostavi njihovo namestitev in medsebojno uporabo za in silico razvoj.20212021-11-07 07:45:02Magistrsko delo/naloga132949sl