Vpliv nekodirajočih regulatornih regij genov vključenih v eritropoezo na razvoj prirojenih eritrocitozTurel, Tina (Avtor) Debeljak, Nataša (Mentor) prirojena eritrocitozanekodirajoče regijeEPOgenotipizacijaEritrocitoza je redka pridobljena ali prirojena bolezen, za katero je značilno povišano število rdečih krvničk. Prirojene eritrocitoze (ECYT1-8) so skupina bolezni z genetsko spremembo v enem izmed genov, ki so vključeni v proces regulacije eritropoeze. S prirojeno eritrocitozo je do zdaj neposredno povezanih devet genov, in sicer EPOR, VHL, EGLN1, EPO, EPAS1, HBB, HBA1, HBA2 in BPGM. V razvoj pridobljene eritrocitoze sta vključena gena JAK2 in SH2B3, neopredeljena pa ostaja njuna vloga pri razvoju prirojenih eritrocitoz. Kljub sekvenčni analizi kodirajočih regij genov, vključenih v eritrocitozo, ostaja 70 % bolnikov s sumom na prirojeno eritrocitozo neopredeljenih. Namen magistrske naloge je bil določiti genetske različice v nekodirajočih regijah 11 genov, ki vplivajo na razvoj eritrocitoze ter potrditi njihovo prisotnost v genomih bolnikov. V prvem sklopu naloge smo z bioinformatskimi orodji analizirali nekodirajoče regije 11 genov. Pri pregledu literature smo določili genomske lokacije nekodirajočih regij, lokacije histonov, mesta metilacij in genomske lokacije CpG otočkov. Pridobljene podatke smo primerjali z rezultati analize NGS iz predhodne raziskave na bolnikih ter določili genetske različice, ki bi lahko vplivale na razvoj prirojene eritrocitoze. Pri nadaljnji analizi smo genetskim različicam določili oznako (ID SNP), povezavo z eritrocitozo oziroma povečanim hematokritom, sovpadanje z regijo kriptičnega eksona ter predikcijo patogenosti CADD. Izmed izbranih genetskih različic smo ID SNP lahko določili samo sedmim genetskim različicam. Dve od teh sta bili povezani s povišanim hematokritom in povišanim izražanjem EPO. Ker je CADD pri vseh genetskih različicah nižji od 20, kar je meja za patogenost, večine genetskih različic nismo vključili v nadaljnjo eksperimentalno analizo. V drugem sklopu naloge smo v eksperimentalno analizo vključili genetski različici rs551238 in rs1617640 gena EPO, ki sta bili predhodno povezani s povišanim hematokritom. Izvedli smo genotipizacijo na 26 DNA vzorcih bolnikov. Rezultati so pokazali na morebitno povezavo med analiziranima SNP, saj so se genotipi pri posameznem vzorcu ujemali. Na podlagi določitve genotipa enega SNP smo lahko napovedali tudi genotip drugega. Analiza genotipov družinskih članov je nakazala avtosomno dominantno dedovanje.20212021-11-05 10:00:00Magistrsko delo/naloga132853sl