Ugotavljanje in molekularna opredelitev virusov ORF pri gamsu (Rupicapra rupicapra) ter papilomavirusov pri srni (Capreolus capreolus) in navadnem jelenu (Cervus elaphus)Kmetec, Jernej (Avtor) Vengušt, Gorazd (Mentor) Kuhar, Urška (Komentor) Divjad – virologijaorf virus – genetikakužni ektimprotitelesa proti virusom – kripapilomaviridae – genetika – klasifikacijapapilomavirusne okužbe – virologija – patologijavirusni genomsekvenciranje celotnega genoma – metodefilogenijaKužni ektim povzroča virus Orf, ki spada v družino Poxviridae, rod Parapoxvirus. V doktorski nalogi opisujemo analizo dveh genomov izolatov virusov Orf pri gamsih (sev ORFV_82/13 in sev ORFV_12/17). Z metodo sekvenciranja naslednje generacije (angl. next-generation sequencing, NGS) smo prvi določili skoraj celotno nukleotidno zaporedje genomov (angl. nearly complete genome) virusov Orf pri gamsih. Analiza genomov virusov Orf pri gamsih je pokazala visoko stopnjo sorodnosti z virusi Orf pri ovcah in kozah. Genoma sta na nivoju nukleotidnega zaporedja med seboj 99,93-odstotno podobna in se od genomov drugih virusov Orf, dostopnih v podatkovni zbirki NCBI GenBank, razlikujeta od 7,61 % (ovčji sev NZ2) do 11,62 % (kozji sev NP). Filogenetska analiza genov osrednje regije je pokazala, da sta virusa Orf pri gamsih tvorila svojo filogenetsko podskupino. V doktorski nalogi smo z ugotavljanjem prisotnosti protiteles proti virusom Orf s serum nevtralizacijskim testom ugotavljali prekuženost populacije gamsov z virusom Orf. Testirali smo 40 vzorcev serumov gamsov. Rezultati testa so bili negativni pri 38 vzorcih, dveh rezultatov ni bilo mogoče odčitati zaradi citotoksičnega učinka vzorca seruma na celično kulturo. S pregledom arhivskih vzorcev zadnjih dveh desetletij, upoštevajoč posredovane podatke lovskih družin ter izkušnje Inštituta za patologijo, divjad, ribe in čebele, smo ugotovili ciklično pojavljanje kužnega ektima pri gamsih. Fibropapilomi so benigni tumorji kože, ki jih povzročajo virusi iz družine Papillomaviridae. Bolezen z izraženimi kliničnimi znaki kaže v Evropi tendenco širjenja med populacijo srn, medtem ko je pri navadnem jelenu opažena redko. V nalogi opisujemo primere fibropapilomatoze pri srnah in navadnem jelenu z značilno klinično in histopatološko sliko. Z metodo NGS smo določili nukleotidno zaporedje celotnih genomov sedmih papilomavirusov (PV), in sicer šestim sevom PV pri srnah (CcaPV1 sev 31-16, CcaPV1 sev 32-16, CcaPV1 sev 37-14, CcaPV1 sev 63-15, CcaPV1 sev 103-16 in CcaPV1 sev 84-14) in enemu sevu PV pri navadnem jelenu (CePV1v sev 64-14). Pri srnah smo potrdili okužbo s tipom CcaPV1 in pri navadnem jelenu s podtipom CePV1v. Primerjava virusnih genomov z že znanimi genomi iz NCBI GenBank je pokazala visoko genetsko stabilnost genoma v času in prostoru. S pregledom arhivskih vzorcev zadnjih dveh desetletij smo ugotovili pojavljanje fibropapilomatoze pri srnah na letni ravni, pri navadnem jelenu pa izredno redko.20212021-11-03 10:45:59Doktorsko delo/naloga132788sl