Konjugacija plazmida pOX38:Cm v izbrane seve bakterije Escherichia coliRepar, Polona-Maja (Avtor) Starčič Erjavec, Marjanca (Mentor) Kastrin, Andrej (Komentor) plazmidifrekvenca konjugacijepOX38:CmCRISPR-Casrestrikcijsko-modifikacijski sisteminkompatibilnost plazmidovprotimikrobno delovanjePovečevanje števila proti antibiotikom odpornih bakterij postaja vedno večji problem. Geni za odpornost so pogosto zapisani na mobilnih genetskih elementih, ki se lahko s horizontalnim genskim prenosom hitro prenašajo med bakterijami. Med horizontalnimi genskimi prenosi velja konjugacija, genski prenos ob neposrednem stiku dveh bakterij, kot najpomembnejši dejavnik za širjenje odpornih bakterij. Dobro poznavanje dejavnikov, ki vplivajo na frekvenco konjugacije, lahko vodi v odkritje novih strategij za borbo proti odpornim bakterijam. Med te dejavnike spadajo obrambni mehanizmi bakterij pred vdorom tuje DNA, kot sta na primer sistem CRISPR-Cas in restrikcijsko-modifikacijski (R-M) sistem. Cilj magistrskega dela je bil preveriti, ali obstaja povezava med frekvenco konjugacije plazmida pOX38:Cm in prisotnostjo genskih zapisov za sistem CRISPR-Cas in R-M sisteme v recipientskih sevih, inkompatibilnostjo plazmidov recipientskih in donorskih sevov ali pa s protimikrobnim delovanjem recipientskih sevov. CRISPR-Cas in R-M sisteme smo v posameznih sevih poiskali s prosto dostopnima računalniškima programoma (CRISPR-Cas++ in REBASE), vendar nismo dokazali nobene povezave s frekvenco konjugacije. Nato smo preverili še sposobnost recipienta za zaviranje rasti donorja (test za prisotnost bakteriocinov) in s programom BLAST preverili inkompatibilnost plazmidov v recipientskih sevih s plazmidom pOX38:Cm. Nekateri recipientski sevi so sicer povzročili cono lize donorskega seva HB101 pOX38:Cm, a povezava s frekvenco konjugacije ni obstajala. Primerjava nukleotidnih zaporedij pOX38:Cm in plazmidov recipientskih sevov tudi ni razkrila morebitne inkompatibilnosti med plazmidi. Opaženih razlik v frekvencah konjugacije pOX38:Cm v različne recipientske seve tako nismo mogli povezati ne z sistemom CRISPR-Cas, ne R-M sistemi, ne protimikrobnim delovanjem in tudi ne z inkompatibilnostjo plazmidov.[P.-M. Repar]20212021-09-15 07:15:39Magistrsko delo/naloga130413sl