<?xml version="1.0"?>
<rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/"><rdf:Description rdf:about="https://repozitorij.uni-lj.si/IzpisGradiva.php?id=130005"><dc:title>Molekulsko kloniranje in filogenetske analize proteina matrin 3</dc:title><dc:creator>Osolin,	Manca	(Avtor)
	</dc:creator><dc:creator>Župunski,	Vera	(Mentor)
	</dc:creator><dc:subject>matrin 3</dc:subject><dc:subject>ALS</dc:subject><dc:subject>stresne granule</dc:subject><dc:subject>molekulsko kloniranje</dc:subject><dc:subject>filogenetska analiza</dc:subject><dc:description>Matrin 3 (MATR3) je DNA- in RNA-vezavni protein jedrnega matriksa. Sodeluje pri uravnavanju transkripcije, alternativnem izrezovanju intronov, izvozu mRNA iz jedra  in stabilizaciji mRNA. Mutacije MATR3 vplivajo na razvoj nevrodegenerativnih bolezni ALS (amiotrofična lateralna skleroza) in FTD (frontotemporalna demenca). Za te bolezni je značilna povečana koncentracija MATR3 v jedru, nepravilna lokalizacija v citoplazmi ali pa tvorba agregatov v citoplazmi. MATR3 z mutacijo S85C inhibira nastanek stresnih granul, ki se tvorijo kot fiziološki odziv na celični stres, in tako prispeva k patologiji ALS. Diplomsko delo je sestavljeno iz laboratorijskega in bioinformatskega dela. V okviru laboratorijskega dela smo z metodo kloniranja IVA izvedli delecijo zapisa za BioID2 iz vektorjev pcDNA3.1-MATR3-BioID2-HA in pcDNA3.1-ALS-MATR3-BioID2-HA ter tako pridobili vektorja pcDNA3.1-MATR3-HA in pcDNA3.1-ALS-MATR3-HA. Te vektorje bi lahko v nadaljevanju uporabili za (ko)transfekcijo sesalskih celičnih linij in na ta način preverili, kako izražanje MATR3 in MATR3 z mutacijo S85C, ki je značilna za ALS, vpliva na nastanek stresnih granul. V okviru bioinformatskega dela pa smo analizirali filogenijo MATR3. Preučili smo evolucijo MATR3 znotraj sesalcev in jo primerjali z evolucijo sesalskih vrst. Ugotovili smo, da se filogenetski odnosi MATR3 v glavnem ujemajo z evolucijo sesalskih vrst. Najboljše ujemanje z evolucijo sesalcev smo dobili pri filogenetskem drevesu na podlagi nukleotidnih zaporedij mRNA MATR3. Pri filogenetski analizi na podlagi aminokislinskih zaporedij MATR3 pri sesalcih so bile namreč vrednosti pristopa ponovnega vzorčenja (angl. bootstrap) prenizke, da bi bili evolucijski odnosi zanesljivi. Razvrstitev določenih redov v nasprotju s privzeto evolucijo sesalcev smo skušali razložiti tako, da smo poravnali izbrana nukleotidna zaporedja in identificirali mesta odstopanj. Analizirali smo tudi evolucijo MATR3 znotraj vretenčarjev, kjer smo najboljše filogenetsko drevo zaradi bolj raznolikih zaporedij dobili z uporabo aminokislinskih zaporedij.</dc:description><dc:date>2021</dc:date><dc:date>2021-09-10 08:25:00</dc:date><dc:type>Diplomsko delo/naloga</dc:type><dc:identifier>130005</dc:identifier><dc:language>sl</dc:language></rdf:Description></rdf:RDF>