Analiza sprememb v številu kopij gena NF1 z od ligacije odvisnim hkratnim pomnoževanjem sond pri bolnikih s kliničnim sumom na nevrofibromatozo tipa 1Gartner, Meta (Avtor) Trebušak Podkrajšek, Katarina (Mentor) Hovnik, Tinka (Komentor) nevrofibromatoza tipa 1MLPAgen NF1CNVkitNevrofibromatoza tipa 1 (NF1) je avtosomno dominantna bolezen, za katero so značilni številni madeži barve bele kave (CALMs) na koži, aksilarna in ingvinalna pegavost, kožni nevrofibromi in Lischevi noduli. Pri približno 50 % posameznikov so prisotne tudi učne težave. Vzrok za pojav bolezni je heterozigotna bolezenska sprememba gena NF1, ki je z 61 eksoni eden večjih človeških genov in se nahaja v pericentromerni regiji dolge ročice 17. kromosoma, na citogenetskem področju 17q11.2. Pri skoraj polovici prizadetih posameznikov je vzrok za pojav bolezni nova (t. i. de novo) bolezenska sprememba gena NF1. Posledica je delna ali popolna odsotnost proteina nevrofibromina v telesu. Omenjeni protein je prisoten v velikih koncentracijah zlasti v celicah perifernega in centralnega živčnega sistema (nevroni, Schwannove celice, oligodendrociti in levkociti). Posledično se začnejo na teh mestih pretirano tvoriti tumorji, t. i. nevrofibromi. Diagnoza NF1 navadno temelji na kliničnih ugotovitvah in uporabi diagnostičnih kriterijev, ki jih je določil ameriški Nacionalni inštitut za zdravje (NIH). Najpogostejše genetske spremembe gena NF1 so točkovne spremembe, ki jih z metodo hkratnega pomnoževanja od ligacije odvisnih sond (MLPA) ne moremo detektirati, zato se za diagnosticiranje bolezni priporoča uporaba metode MLPA v kombinaciji s sekvenciranjem naslednje generacije (NGS). Namen magistrske naloge je bil z metodo MLPA določiti večje spremembe v številu kopij (CNV) gena NF1 v populaciji pediatričnih bolnikov s sumom ali diagnozo na NF1, ki še nimajo odkrite točkovne ali druge spremembe v genu. Dobljene rezultate smo primerjali z rezultati predhodno uporabljenih metod in jih prikazali še z računalniškim programom CNVkit. V raziskavo je bilo vključenih 82 otrok z diagnozo ali sumom na NF1, ki so vodeni v ambulanti Kliničnega oddelka za endokrinologijo, diabetes in bolezni presnove ter v genetski ambulanti Pediatrične klinike UKC Ljubljana. Večje spremembe v številu kopij gena NF1 smo odkrili pri šestih preiskovancih, kar je 7 % raziskovane skupine. Pri enem preiskovancu je bila dokazana že znana heterozigotna delecija celotnega gena, pri dveh sta bili dokazani že znani deleciji, ki zajemata več eksonov, pri treh preiskovancih pa je bila na novo odkrita delecija enega eksona (eksoni 3, 23 oziroma 25). Na podlagi naše raziskave lahko trdimo, da je metoda MLPA v kombinaciji z uporabljeno mešanico sond SALSA P081 MIX1 in P082 MIX2 bolj zmogljiva od v laboratoriju predhodno uporabljene metode MLPA v kombinaciji z mešanico sond SALSA P122 NF1 area.20212021-09-09 08:45:12Magistrsko delo/naloga129908sl