Modeliranje binarnih kompleksov SARS-CoV-2 proteina ORF8 s tarčnimi proteini človekaSkrt, Polona (Avtor) Petrovič, Uroš (Mentor) SARS-CoV-2ORF8protein-proteinske interakcijenapoved proteinske strukturemolekulsko sidranje proteinovVirus SARS-CoV-2 je bil pri človeku prvič potrjen decembra 2019 in se za tem hitro razširil po svetu. Od preostalih koronavirusov se najbolj razlikuje v pomožnem proteinu ORF8, ki ima hkrati tudi enega od najbolj variabilnih zapisov v genomu virusa. S širjenjem virusa se pojavljajo vedno nove različice virusa in proteina ORF8, ki jih najdemo po svetu ter tudi na območju Slovenije. Te se pogosto kažejo v spremenjenem poteku okužbe ali razvoja bolezni COVID-19, kar nam daje iztočnico za raziskave molekularnega mehanizma delovanja virusnih proteinov. Kot interaktorji proteina ORF8 so bili napovedani številni proteini človeka, med drugimi tudi ADAM9, PLOD2, ITGB1, TGFB1 in IL17RA, ki vsi sodelujejo v fizioloških procesih, povezanih s simptomi okužbe z virusom SARS-CoV-2. V raziskavi smo se osredotočili na spremembe S24L, Y73C in L84S proteina ORF8, ki so bile najpogostejše v začetnih različicah virusa. Analiza interakcij je potekala najprej eksperimentalno, z metodo dvohibridnega sistema kvasovke, nato pa smo iste interakcije analizirali še z aktualnimi računskimi metodami molekulskega sidranja, kar je bil namen te diplomske naloge. Za uspešno bioinformatsko analizo smo pripravili modele struktur tarčnih proteinov, ki so bili napovedani z algoritmoma I-TASSER in AlphaFold ali eksperimentalno določeni, molekulsko sidranje ORF8 s proteini človeka pa je bilo izvedeno na spletnih strežnikih HADDOCK in ClusPro. V eksperimentalnem delu analize je uvedba mutacij v nekaterih primerih privedla do odstopanja rezultata od referenčnega, kar je služilo postavitvi hipoteze, da aminokisline, ki so spremenjene zaradi uvedenih mutacij in s tem vplivajo na eksperimentalen rezultat, sodelujejo v interakcijski površini proteinskega kompleksa. Hipotezo smo z uspešno pripravo modelov struktur protein-proteinskih interakcij in njihovo analizo potrdili ter tako pokazali komplementarnost eksperimentalnih in bioinformatskih metod v preučevanju molekularnih mehanizmov razvoja bolezni.20212021-09-07 18:40:00Diplomsko delo/naloga129752sl