Primerjava metod za optimizacijo predkristalizacijskih pogojev proteinov na primeru lizocimaKobale, Anja (Avtor) Turk, Dušan (Mentor) Dolinar, Marko (Komentor) predkristalizacijski pogojidiferenčna dinamična fluorimetrija (DSF)topnostni testkristalizacijaStrukture proteinov lahko določamo na različne načine. Mednje spada tudi rentgenska difrakcija. Le-ta zahteva makromolekulske kristale, v katerih se molekule geometrijsko uredijo, kar omogoča sipanje rentgenskih žarkov, ki je pogoj za uspešno določitev 3D strukture. Na urejenost makromolekul v kristalu vpliva tudi mikrookolje, v katerem se makromolekule nahajajo in kjer bo potekala kristalizacija. Mikrookolje je sestavljeno iz raztopine proteina in raztopine rezervoarja, ki predstavlja spojine z različnimi načini delovanja. Raziskave so pokazale, da tudi raztopina, v kateri je raztopljen protein, preden pripravimo kristalizacijske kapljice, pomembno prispeva h končnemu rezultatu – proteinskim kristalom. V tej magistrski nalogi smo se posvetili predkristalizacijskim pogojem testnega proteina lizocima. Primerjali smo dve metodi, s katerima lahko dobimo optimalne predkristalizacijske pogoje, diferenčno dinamično fluorimetrijo (DSF) in topnostnim testom. Namen je bil iz združenih rezultatov poiskati ugodnejše pogoje za kristalizacijo, kot jih dobimo z vsako metodo posebej, saj vsaka od obeh metod deluje na svoj način in ima svoje zahteve. Opravili smo eksperimente z obema metodama, nato rezultate obeh primerjali, jih združili in nastavili kristalizacijo, da bi preverili kristalizacijo proteina pri izbranih pogojih. Pripravili smo tudi odločitvena drevesa, kdaj slediti kateri izmed metod glede na tip proteina, ki ga preiskujemo, razpoložljivo količino proteina ter opremo. Iz rezultatov smo ugotovili, da kadar združimo najboljše rezultate obeh metod, ni zagotovo, da bo lizocim kristaliziral, saj so se pojavili kristali lizocima tako v pufrskih pogojih, ki so bili teoretično najboljši, kot v pufrskih pogojih, ki so bili teoretično najslabši. Iz rezultatov te naloge sklepamo, da nobena izmed metod ne more razkriti analiziranih pogojev, za katere lahko z gotovostjo trdimo, da bo pri njih lizocim kristaliziral.20212021-09-07 16:40:00Magistrsko delo/naloga129742sl