Študija strukturnih motivov RNA zaporedij s ponovitvami adenina, gvanina in citozinaLevstek, Tevž (Avtor) Plavec, Janez (Mentor) RNAAGCGA-kvadruplekssekundarna strukturaNMRZaporedja DNA z določenimi motivi, ki vsebujejo ponovitve adenina, gvanina in citozina, se ob primernih pogojih zvijejo v AGCGA-kvadruplekse. Pri tem tvorijo GAGA in GCGC-kvartete, ki se med seboj naložijo v kvadrupleks, pri čemer je, za razliko od bolje poznanih G-kvadrupleksov, njihov nastanek neodvisen od prisotnih kationov ali pH. AGCGA-kvadrupleksa, ki bi ga tvorila RNA, do danes še niso odkrili. Ker bi obstoj RNA AGCGA-kvadrupleksov lahko pomenil posebne biološke vloge takih molekul ali predstavljal nove tarče za zdravila, smo se znotraj diplomske naloge lotili raziskovanja enega od RNA zaporedij s potencialno možnostjo tvorbe AGCGA-kvadrupleksov. Diplomsko delo je del širše raziskave, kjer smo preiskali večje število RNA zaporedij s ponovitvami adenina, gvanina in citozina, za katere je bilo dokazano, da njihova ekvivalentna DNA zaporedja tvorijo AGCGA-kvadruplekse. Raziskovano RNA zaporedje 5'-GCGA UU AGCG UU GCGA UU AGCG-3' je modelno zaporedje, ki bi potencialno lahko tvorilo paralelni monomolekularni AGCGA-kvadrupleks. Pri raziskovalnem delu smo uporabljali predvsem različne tehnike NMR spektroskopije, in sicer 1D protonski NMR, 1H-1H NOESY NMR in 1H-15N SOFAST- HMQC z uporabo ustrezno izotopsko označenih vzorcev, ter PAGE in CD-spektroskopijo. Dokazali smo, da zaporedje ne tvori AGCGA-kvadrupleksa v pogojih blizu fiziološkim (pH 7, koncentracija KCl 50 mM in koncentracija KPi 10 mM). Zaporedje namreč tvori vsaj tri različne strukture lasnice, ki so med seboj v ravnotežju. Predlagali smo tudi najverjetnejše strukture vseh treh lasnic. Predvidevamo, da se preučevano RNA zaporedje, podobno kot ostala zaporedja vključena v širšo študijo, ne zvije v AGCGA-kvadrupleks, najverjetneje zaradi dodatne 2'-OH skupine na sladkorju, ki preprečuje tvorbo stabilnih AGCGA-kvadrupleksov.20212021-09-06 12:41:50Diplomsko delo/naloga129653sl