Iskanje vezavnih mest Mac3 domene proteina Nsp3 SARS-CoV-2Nechevska, Anastasija (Avtor) Plavec, Janez (Mentor) G-kvadrupleksNMRSARS CoV-2Mac3Nsp3Domena Mac3 proteina Nsp3, večdomenskega nestrukturnega proteina 3, ki ga kodirajo genomi koronavirusov, vključno s SARS-CoV, močno veže z gvanini bogata nukleotidna zaporedja mRNA gostiteljskih celic. Taka zaporedja so zmožna tvorbe štirivijačnih struktur, stabiliziranih z vodikovimi vezmi med gvaninskimi ostanki, ki jim pravimo G-kvadrupleksi. Glede na to, da so pri virusu SARS-CoV-2 domena Mac3 in vsi aminokislinski ostanki, ki naj bi bili vključeni v vezavo G-kvadrupleksov znotraj takih zaporedij, ohranjeni, smo pripravili tri potencialna tarčna zaporedja iz človeškega genoma. Zaporedja najdemo v 3’ neprevedenih regijah mRNA, ki zapisujejo za proteina TAB3 in RAB6B. Protein TAB3 ima pomembno vlogo pri aktivaciji signalne poti NF-κβ, ki zapisuje za transkripcijske faktorje udeležene v regulaciji celične rasti, proliferaciji in apoptozi v celicah, okuženih z virusom. Protein RAB6B pa je udeležen pri regulaciji retrogradnega transporta v živčnem tkivu. V okviru diplomskega dela smo s pomočjo 1D 1H NMR eksperimentov najprej določili, ali oligonukleotidi TAB3 6.2, RAB6B 3.3 in RAB6B 5.3 tvorijo G-kvadruplekse. Ugotovili smo, da pri nižji koncentraciji K+ ionov do tvorbe ene G-kvadrupleksne strukture pride le v primeru zaporedja RAB6B 5.3, medtem ko smo v primeru zaporedij RAB6B 3.3 in TAB3 6.2 opazili več različnih G-kvadrupleksnih struktur. V nadaljevanju smo izvedli še titracijo s peptidom P8 domene Mac3 virusa SARS-CoV-2, ki vsebuje štiri od osmih aminokislinskih ostankov, ključnih za vezavo z gvanini bogatih zaporedij pri SARS-CoV. S pomočjo dvodimenzionalnih NMR eksperimentov smo določili aminokislinske ostanke P8, vključene v interakcijo z molekulami RNA.20212021-09-06 12:40:54Diplomsko delo/naloga129648sl