Računalniška analiza oligomernega stanja in funkcijskih lastnosti človeškega ISOC2Feguš, Nastja (Avtor) Novinec, Marko (Mentor) ISOC2oligomerno stanjekarakterizacijaISOC2 spada v naddružino izokorizmatazi podobnih proteinov (Isochorismatase like proteins, IHL). Encimi iz naddružine IHL prepoznajo raznolike substrate, vendar večinoma katalizirajo cepitev C–N ali C–O vezi. So homooligomerni proteini z različnim številom podenot. Glede na število podenot so lahko monomeri, dimeri in tetrameri, v redkih primerih pa oktameri. Nekateri proteini znotraj naddružine IHL še niso bili biokemijsko karakterizirani, zato so njihove biološke funkcije neznane. ISOC1 in ISOC2 sta paraloga iz naddružine IHL, ki se pojavljata pri vretenčarjih, med drugim pri človeku. Oba proteina sta slabo karakterizirana in njuna funkcija še ni popolnoma pojasnjena. ISOC2 vsebuje 205 aminokislinskih ostankov. Znane so tri izooblike proteina, ki nastanejo z alternativnim izrezovanjem. Znano je, da protein interagira s tumorskim supresorjem p16. Namen dela je bil določitev oligomernega stanja proteina ISOC2 in njegova funkcijska karakterizacija. Ker kristalna struktura človeškega ISOC2 še ni znana, smo naredili modele njegove strukture, najprej tetramerne, kasneje še dimerne. Naredili smo analizo umestitve molekul iz knjižnice človeškega metaboloma, ki je razkrila dobro umeščanje nukleotidov v vezavni žep proteina. Eksperimentalno smo preverili v kakšnem oligomernem stanju se nahaja rekombinantni protein. Analiza s prečnim povezovanjem je razkrila, da je protein pretežno v dimernem stanju, nekaj pa se ga nahaja tudi v tetramernem stanju. Preverjali smo tudi, ali ima protein encimsko aktivnost. Izkazalo se je, da protein nima niti esterazne niti nukleazne aktivnosti. Z metodo pomika na gelu (EMSA) smo preverjali ali protein morda le interagira z nukleinskimi kislinami, vendar smo tudi to hipotezo zavrgli.20212021-09-06 12:40:10Diplomsko delo/naloga129644sl