Raznolikost ortobunjavirusov v komarjih v SlovenijiJaklič, Barbara (Avtor) Avšič Županc, Tatjana (Mentor) ortobunjavirusikomarjifilogenetska analizaZa ortobunjaviruse je značilna preprosta zgradba virusnih delcev iz samo štirih strukturnih proteinov, njihov genom pa predstavlja tridelna negativno orientirana enoverižna DNA. Spadajo med arboviruse, kar pomeni, da jih prenašajo členonožci. Njihovi najpogostejši prenašalci so komarji, ki so pomembni vektorji tudi drugih porajajočih se virusov v Evropi, Afriki, Ameriki in Aziji. Raziskave na komarjih, kot prenašalcih porajajočih se mikroorganizmov, so bile v preteklosti večinoma prezrte. Z izbruhom virusa čikungunja v Italiji avgusta 2007 in pojavom tigrastega komarja v Sloveniji ter hitrim širjenjem in porastom njegove populacije pa smo prišli do spoznanja, da Slovenija predstavlja eno od vstopnih točk za vektorsko prenosljive bolezni v Evropi. Poleg virusov, ki so dokazano patogeni za ljudi, lahko komarji prenašajo tudi številne viruse z neznanim patogenetskim potencialom. Med takšne sodijo mnogi ortobunjavirusi, ki jih pogosto opisujejo kot del komarjevega viroma. Hkrati so med njimi že dokazali tudi za človeka nevarne viruse. Nekateri poznani ortobunjavirusi namreč povzročajo vročico – virus Bunyamwera (BUNV), samoomejevalno mrzlico – virus Oropouche (OROV), hemoragično mrzlico – virus Ngari ali encefalitis – virus La Crosse (LACV). Poleg tega imajo nekateri ortobunjavirusi tudi teratogene učinke, primer takšnega je virus doline Cache. Namen diplomskega dela je bil preveriti pogostost okužbe z ortobunjavirusi v različnih vrstah komarjev, ulovljenih na 28 različnih lokacijah po Sloveniji v letih 2017, 2018 in 2019. S podrobnejšo analizo virusnega genoma smo želeli opredeliti raznolikost ortobunjavirusov v Sloveniji glede na leto, kraj in vrsto komarja. Od 1344 analiziranih vzorcev, ki so vsebovali od 1 do 40 komarjev, smo pri 153 vzorcih (11,4 odstotkov) dokazali okužbo z ortobunjavirusi. Večina skupin komarjev s prisotno okužbo je iz leta 2019, pri čemer je treba upoštevati, da je bilo vzorčenja iz leta v leto več. Z določitvijo zaporedja ohranjenih regij genomskega segmenta L in s primerjavo dobljenih nukleotidnih zaporedij z bazo podatkov GenBank smo izbrali 15 najbolj podobnih in sorodnih zaporedij. Pripadajo virusom, ki jih uvrščamo v rod Orthobunyavirus iz družine Peribunyaviridae in rodova Phasivirus ter Goukovirus iz sorodne družine Phenuiviridae. Vsi trije rodovi so do leta 2019 pripadali družini Bunyaviridae, ki so jo zaradi pospešenega odkrivanja novih virusov razdelili v nove družine znotraj redu Bunyavirales. Na podlagi nadaljnje filogenetskega analize nukleotidnih zaporedij smo lahko sklepali, da je v izbranem časovnem obdobju prihajalo do akumulacije točkovnih mutacij in vnosa novih virusnih vrst, saj so skupine komarjev iz let 2017 in 2018 praviloma v ločenih vejah filogenetskega drevesa. Poleg tega smo opazili tudi korelacijo med krajem vzorčenja komarjev oziroma vrsto komarjev v skupinah in raznolikostjo virusov, saj so se v filogenetskem drevesu oblikovale 4 večje skupine z zelo podobnimi zaporedji, ki so si bila dokaj enotna bodisi v kraju zbiranja bodisi po vrsti komarjev v vzorcu.20212021-08-23 14:20:00Diplomsko delo/naloga129012sl