Metagenomske vrste prevotel v prebavnih ekosistemihStare, Eva (Avtor) Accetto, Tomaž (Mentor) PrevotellaPrevotellaceaevampni mikrobiomvampprežvekovalciprebavni sistemmetagenomikametagenomske vrsteanaerobna tehnikaPCRANIMLSATETRACAZYfilogenijaNamen magistrskega dela je bil potrditi obstoj vrst iz rodu Prevotella, ki jih je napovedala študija metagenomske analize vampnih ekosistemov (Stewart in sod., 2019), kar smo morda dosegli z izolacijo enega seva. Hkrati smo izolirali vsaj pet novih vrst rodu Prevotella. Primerjali smo genome pridobljene iz metagenomov s tistimi iz izoliranih Prevotella in ugotovili da imajo nekateri izmed prvih pomanjkanje številnih jedrnih genov za uspešno analizo MLSA, kot tudi nenavadno visoko število encimov CAZY in velikost genoma. Večina MAG se tako uvršča med genome srednje kvalitete, ki niso najprimernejši izbor za študije filogenije. Na podlagi TETRA in ANIb naj bi združeni metagenomski odčitki Stewart in sod. predstavljali 161 ločenih vrst znotraj Prevotellaceae, v vampu ovna s področja Slovenije pa smo izolirali zgolj eno potencialno vrsto. Kongruenca ribosomskih genov, ohranjena pri gojenih sevih, se ne odraža pri MAG, kjer so ti geni včasih najdeni celo v več kopijah. Mnenja smo, da je analizo surovih odčitkov Stewart in sod. (2019) nujno potrebno ponoviti z različnimi individualnimi pristopi združevanja in razvrščanja odčitkov za kontrolo kvalitete.[E. Stare]20212021-06-30 07:15:13Magistrsko delo/naloga127946sl