Primerjava strategij za oceno učinkovitosti sgRNA na primeru TLR10.Škof, Maja (Avtor) Ogorevc, Jernej (Mentor) TLR10CRISPR/CassgRNAPomemben del uspešne uporabe metode CRISPR/Cas9 predstavlja izbira ustrezne sgRNA, ki se veže na tarčno zaporedje DNA. Za optimalno uporabo tehnologije CRISPR/Cas9 mora biti sgRNA učinkovita in specifična. Na voljo je več spletnih orodij, ki predlagajo zaporedja sgRNA, a njihovo dejansko učinkovitost je potrebno preveriti v praksi. Obstaja več metod za validacijo sgRNA, ki temeljijo na različnih principih. V diplomski nalogi smo z različnimi metodami in-vitro validacije preverili učinkovitost štirih sgRNA, ki imajo tarčna mesta v TLR10. Izbrane sgRNA smo nato uporabili za poskus aktivacije transkripcije TLR10 z metodo CRISPRa. V ta namen smo celice A549 transficirali z dCas9 s pripojenimi aktivatorji transkripcije in različnimi sgRNA. Izražanje TLR10 smo uspeli povečati. Možnost regulacije transkripcije s tehnologijo CRISPR predstavlja dobro izhodišče za nadaljnje raziskave vloge tega proteina, ki je najslabše opisan receptor iz družine TLR in še nima definiranega liganda.20212021-04-14 11:10:07Diplomsko delo/naloga126284sl