Molekularna epidemiologija in patogeneza invazivne neonatalne okužbe z bakterijo Streptococcus agalactiae v Sloveniji, 2011-2016Perme, Tina (Avtor) Ihan, Alojz (Mentor) Jeverica, Samo (Komentor) streptokok skupine BSGBhipervirulentni CC-17neonatalna okužbamolekularna epidemiologijavirulentni dejavnikiSlovenijaStreptococcus agalactiae (streptokok skupine B ali SGB) je najpogostejši povzročitelj invazivne neonatalne okužbe v razvitih državah. Za preprečevanje okužbe uporabljamo obporodno antibiotično profilakso, ki je v Sloveniji indicirana na podlagi prisotnosti dejavnikov tveganja. Za preučevanje sorodnosti med posameznimi izolati SGB in genetske strukture bakterijske populacije uporabljamo številne metode, med njimi metodo sekvenciranja multiplih lokusov (MLST), s katero izolate razvrstimo v sekvenčne tipe (ST), ki se združujejo v klonske komplekse (CC), in v zadnjem času pogosteje tudi metodo sekvenciranja celotnega genoma (WGS). Dodatno lahko uporabimo tudi metodo CRISPR. V razvitem svetu je zaskrbljujoč porast invazivnih neonatalnih okužb, povzročenih s hipervirulentnim sevom SGB serotipa III ST-17. Glavni virulentni dejavnik SGB je kapsularni polisaharid. Glede na izražanje različice polisaharida lahko SGB razdelimo v 10 različnih serotipov. Za razvoj kolonizacije in invazivne okužbe so pomembni tudi drugi virulentni dejavniki, med njimi številni površinski proteini, kot so pili, proteini iz družine ALP, peptidaza C5a, Lmb, Fbs, Srr in Bib. Za virulenco hipervirulentnega seva SGB ST-17 sta posebej pomembna proteina HvgA in Srr-2, ki omogočata meningealni tropizem. Problematika invazivne neonatalne okužbe s SGB je v Sloveniji slabo raziskana, prav tako poznavanje fenotipskih in genotipskih značilnosti izolatov. Z raziskavo smo želeli fenotipsko in genotipsko primerjati zbrane invazivne izolate in skupino kolonizacijskih izolatov SGB ter opredeliti značilnosti bakterijske populacije pred uvedbo univerzalnega presejanja v nosečnosti. V to retrospektivno kohortno raziskavo smo vključili izolate 101 otroka z invazivno okužbo (n=114 izolatov) med leti 2001 in 2018. Kontrolno skupino so predstavljali kolonizacijski izolati 70 nosečnic (n=71). Zbrali smo podatke o osnovnih kliničnih značilnostih otrok, odpornosti izolatov na antibiotike in kapsularnem serotipu. S pomočjo WGS smo izolatom določili ST in CC, prisotnost genov za virulentne dejavnike in opravili filogenetsko analizo. Kot dodatno metodo tipizacije smo uporabili metodo CRISPR. Med invazivnimi izolati jih je bilo 41,6 % povezanih z zgodnjo okužbo, 58,4 % pa s pozno okužbo. Vsi izolati so bili občutljivi na penicilin. Skupno smo zaznali 7 različnih serotipov (Ia, Ib, II-V in VIII), med katerimi je prevladoval serotip III (60 %). Zaznali smo 29 različnih ST, ki so se razvrstili v 6 CC. Tako med invazivnimi kot kolonizacijskimi izolati je prevladoval hipervirulentni klon CC-17 (67,3 % ter 32,9 %; p20212021-04-14 07:15:11Doktorsko delo/naloga126275sl